เมื่อภาคการศึกษาที่สองเริ่มต้นขึ้น นักเรียนก็เดินทางกลับโรงเรียน ห้อง 3-E ได้โจมตีอาจารย์โคโระในช่วงปิดเทอมฤดูร้อน และได้ปรับปรุงทักษะการลอบสังหารอย่างต่อเนื่อง อย่างไรก็ตาม จุดสนใจของพวกเขาเปลี่ยนไปเมื่อพวกเขาเผชิญหน้ากับศัตรูทั้งเก่าและใหม่ ซึ่งต่างก็แย่งชิงความโปรดปรานจากครูที่แสนจะลื่นไถลของพวกเขา อุปสรรคที่พวกเขาเผชิญไม่ได้จำกัดอยู่เพียงฝ่ายตรงข้าม เนื่องจากอาจารย์ใหญ่ของ Kunugigaoka Junior High และคู่แข่งใน Class A ก่อให้เกิดภัยคุกคามต่อความสำเร็จทางวิชาการของพวกเขา การเอาชนะความท้าทายเหล่านี้ทำให้กลุ่มต้องทำงานร่วมกันเพื่อบรรลุเป้าหมายสูงสุดในการเรียนรู้ศิลปะแห่งการลอบสังหาร