หลังจากเหตุการณ์ใน DC เรื่องราวเกิดขึ้นในโลกที่ผู้คนถูกบังคับให้ต้องอาศัยน้ำเนื่องจากสภาพอากาศที่ไม่เอื้ออำนวยและการมีอยู่ของ Mist Fleet ที่น่าเกรงขาม มนุษย์ต้องใช้เวลา 17 ปีในการพัฒนาอาวุธที่สามารถตอบโต้ศัตรูที่ลึกลับได้ แต่ญี่ปุ่นผู้ประดิษฐ์นั้นขาดความสามารถในการผลิตพวกมันในวงกว้าง เป็นผลให้พวกเขาหันไปหา Gunzo เจ้าของเรือดำน้ำลาดตระเวนสีน้ำเงิน I-401 (I401) ซึ่งเขาได้มาโดยไม่ทราบสาเหตุ ตอนนี้เขาเป็นโอกาสสุดท้ายสำหรับมนุษยชาติที่จะเอาชนะกองยานลึกลับเหล่านี้