ในปี 2036 โตเกียวซึ่งครั้งหนึ่งเคยเป็นเมืองหลวงที่เจริญรุ่งเรืองของญี่ปุ่นและเป็นสัญลักษณ์ของความทันสมัย ​​ได้ถูกกักกันเนื่องจากการปนเปื้อนของสารกัมมันตภาพรังสี การปนเปื้อนนี้เกิดจากการระเบิดของโรงไฟฟ้านิวเคลียร์ในเมืองนากาตะหลังแผ่นดินไหวในปี 2559 แม้จะผ่านไปหลายปี แต่หลายคนเชื่อว่ายังมีผู้รอดชีวิตที่รอความช่วยเหลือในเมืองร้างซึ่งปัจจุบันเต็มไปด้วยซากปรักหักพังและ กัมมันตภาพรังสีระดับสูงจนเป็นอันตราย เพื่อค้นหาและช่วยเหลือผู้คนเหล่านี้ เจ้าหน้าที่ได้ส่งหน่วยพิเศษที่เรียกว่าหน่วยพิเศษคอปเปเลียน ซึ่งประกอบด้วยวัยรุ่นหญิงทั้งหมดที่ได้รับการดัดแปลงพันธุกรรมให้ทนทานต่อสารกัมมันตภาพรังสีโดยไม่ต้องสวมอุปกรณ์ป้องกัน วิธีการปฏิบัติการช่วยเหลือที่แหวกแนวนี้ทำให้หลายคนเลิกคิ้วและทำให้หลายคนสงสัยเกี่ยวกับลักษณะที่แท้จริงของสถานการณ์ในโตเกียว ในขั้นต้น หน่วยงานกำกับดูแลได้ส่งทีมเจ้าหน้าที่พิเศษสามคน ซึ่งประกอบด้วย อิบาระ หญิงสาวผู้เด็ดเดี่ยว ทานาโกะ ผู้มีปัญญาสวมแว่น และอาโออิ สมาชิกรุ่นน้องของกลุ่ม (และยังมีอีกมากที่จะตามมาในอนาคต) ไม่ทราบว่าทั้งสามคนนี้จะทำภารกิจสำเร็จหรือไม่