ชินจังและครอบครัวตัดสินใจไปเยี่ยมชมพิพิธภัณฑ์ศิลปะญี่ปุ่นในวันที่อากาศดี ขณะที่พวกเขาอยู่ที่นั่น พวกเขาได้พบกับหญิงสาวชื่อจิโยเมะ เฮโซกาคุเระ จิโยเมะอ้างว่าเป็นมารดาผู้ให้กำเนิดของชินจังและพาเขาไปที่หมู่บ้านนินจาลึกลับ ในหมู่บ้านนี้ ชินจังต้องเรียนรู้เทคนิคโบราณและทรงพลังของนินจาเพื่อปกป้องหมู่บ้านของเขาจากศัตรูที่ไม่รู้จัก ในระหว่างการฝึก เขาได้พบกับเด็กนินจาชื่อชินโซซึ่งเป็นลูกชายของจิโยเมะ ชินโซมีความสามารถพิเศษในการมองเห็นวิญญาณ ชินจังและชินโซร่วมมือกันเพื่อเปิดเผยความจริงเบื้องหลังการลักพาตัวของชินจัง และเพื่อปกป้องหมู่บ้านของพวกเขาจากอันตราย ภาพยนตร์เรื่องนี้เจาะลึกถึงต้นกำเนิดที่แท้จริงของชินจังและความสัมพันธ์ของเขากับจิโยเมะ ขณะเดียวกันก็สำรวจประเด็นของการยอมรับตนเองและความสำคัญของครอบครัว