ผลพวงของเกมสังหารครั้งล่าสุดและการเปิดเผยของผู้กระทำความผิดที่แท้จริงทำให้ Future Foundation ตกอยู่ในความระส่ำระสาย ในความพยายามครั้งสุดท้ายที่จะขจัดความสิ้นหวังไปจากโลก หนึ่งในผู้รอดชีวิตได้คิดค้นกลยุทธ์ที่สิ้นหวัง บีบให้สมาชิกที่เหลือขององค์กรมารวมตัวกันและป้องกันไม่ให้ภัยพิบัตินี้เกิดขึ้น โชคดีที่พวกเขาค้นพบพันธมิตรที่ไม่คาดคิดซึ่งเข้าร่วมกับภารกิจของพวกเขาในขณะที่พวกเขาทำงานแข่งกับเวลาเพื่อป้องกันการเปลี่ยนแปลงในความสมดุลของโลก

เมื่อซีรีส์ Danganronpa ใกล้จะถึงตอนจบ ผู้เล่นที่จมอยู่กับเกมแห่งความตายที่ไม่มีวันจบสิ้นจะได้รับข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับความสำคัญที่แท้จริงของความสิ้นหวัง ความหวัง และการไถ่บาป