มีหลายคนตกเป็นเป้าหมายของผู้โจมตีที่ไม่รู้จัก โดยมีสารวัตรเมกุเระเป็นเหยื่อรายแรกของลูกธนูหน้าไม้ คิซากิ เอริ ทนายความและมารดาผู้ให้กำเนิดของรัน ถูกวางยาพิษด้วยช็อกโกแลตขณะออกไปวิ่งจ็อกกิ้ง ส่วนดร.อากาสะถูกยิงด้วยหน้าไม้เมื่อเปิดประตูหน้าบ้าน มีการสังเกตว่าเหยื่อแต่ละคนมีชื่อที่ตรงกับตัวเลขหรือสัญลักษณ์บนการ์ด และเหยื่อทั้งหมดเชื่อมโยงกับโมริ โคโกโระ ขณะที่โจ มูราคามิ อดีตนักพนันผู้ไม่พอใจที่เพิ่งได้รับการปล่อยตัวจากคุกเป็นผู้ต้องสงสัยหลัก แต่การโจมตีบุคคลที่มีชื่อเป็นตัวเลขเชื่อมโยงกับโคโกโระยังคงดำเนินต่อไป สถานการณ์ดังกล่าวทำให้ครอบครัว Kogoro มาเยือน Crystal Aquarium ซึ่งพวกเขาได้พบกับคนอีกกลุ่มหนึ่ง รวมถึง Nishina Minoru, Peter Ford, Shishido Eime, Osanai Nana และ Sawaki Kou ซึ่งทุกคนมีชื่อเป็นตัวเลข เหตุการณ์นี้มีความสำคัญเป็นพิเศษสำหรับรัน ซึ่งก่อนหน้านี้เชื่อว่าเป็นสาเหตุที่ทำให้พ่อแม่ของเธอแยกทางกัน สถานที่แห่งนี้แต่เดิมเป็นสวรรค์อันเงียบสงบท่ามกลางมหาสมุทรอันกว้างใหญ่ กลายเป็นบ่วงที่ทรยศซึ่งสร้างขึ้นโดยคนร้ายจอมหลอกลวง ท่ามกลางความสับสนวุ่นวายนี้ มีการฆาตกรรมเกิดขึ้น ตอนนี้พวกโคนันต้องดำเนินการสืบสวนเหตุการณ์นี้และวางแผนที่จะหลบหนีจากพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำคริสตัลก่อนที่มันจะพังทลายลง คนร้ายที่ปกปิดตัวตนที่แท้จริงของเขาได้จับรันที่อยู่ในสภาพอ่อนแอเป็นตัวประกัน ใครคือผู้กระทำผิดที่ชั่วร้ายคนนี้? พวกโคนันจะใช้มาตรการอะไรเพื่อช่วยรัน? ผู้รอดชีวิตที่เหลือจะจัดการอย่างไรให้รอดจาก Crystal Aquarium ที่ถล่มลงมา? รันจะเข้าใจสาเหตุที่พ่อแม่แยกทางกันหรือไม่? สุดท้ายนี้ใครคือเป้าหมายหลักที่ใช้ชื่อว่า "หมายเลข 1"? คำถามเหล่านี้ทั้งหมดจะมีคำตอบใน Detective Conan The Movie 2, Mysterious Card Murder Case

คุโดะ ชินิจิ นักสืบนักเรียนมัธยมปลายอายุ 17 ปี ได้รับรางวัล "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" เขาแอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ โดยไม่รู้ว่ามีชายชุดดำอีกคนเข้ามาหาเขาจากด้านหลังและโจมตีเขา ชายทั้งสองถูกจับกุมและได้รับยาพิษซึ่งถูกกล่าวหาว่าผลิตโดยองค์กรของพวกเขา อย่างไรก็ตาม พิษดังกล่าวทำให้ชินิจิตัวเล็กลงและกลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ ทำให้เขาต้องเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน โดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาได้รับมอบหมายให้สืบสวนชายในรอยเท้าดำและค้นหายาแก้พิษ โคนันไปอาศัยอยู่กับโมริ รัน เพื่อนสมัยเด็กที่เขารู้จักมานานหลายปีที่สำนักงานนักสืบโมริ โดยที่โคโกโระ พ่อของเธอเป็นนักสืบเอกชน พวกเขาทำงานร่วมกันเพื่อสืบสวนชายชุดดำ