ในกรณีของการฆาตกรรมต่อเนื่อง ชีวิตของเจ้าหน้าที่บังคับใช้กฎหมายจำนวนมากถูกนำไปสังเวย ชะตากรรมของรันจวนจะจมดิ่งลงสู่ความสยองขวัญนี้ เมื่อเธอเข้าร่วมพิธีแต่งงานของน้องสาวของสารวัตรชิราโทริ โดยมีการเปล่งวลีที่เป็นลางไม่ดีว่า "ไม่จำเป็นต้องรู้...ไม่จำเป็นต้องรู้" ในระหว่างพิธี ผู้หมวดซาโต้ถูกลอบสังหารต่อหน้ารัน ทำให้เธอตกใจและสูญเสียความทรงจำ ผู้กระทำผิดเมื่อรู้ว่ารันเห็นหน้าเขาแล้ว จึงถูกบังคับให้ปิดปากเธอ เพื่อช่วยฟื้นฟูความทรงจำของเธอและปกป้องเธอจากฆาตกร โคนันจึงเข้าแทรกแซง

คุโดะ ชินิจิ นักศึกษานักสืบวัย 17 ปี ได้รับตำแหน่ง "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" ขณะที่แอบสังเกตการเจรจาลับของชายชุดดำ เขาก็ถูกชายชุดดำอีกคนบังตาไว้ ชายทั้งสองถูกจับกุมและถูกบังคับให้กินยาพิษ ซึ่งมีรายงานว่าเกิดขึ้นภายในองค์กรของพวกเขา พิษทำให้ชินอิจิต้องเผชิญการเปลี่ยนแปลงทางร่างกายอย่างรุนแรง ทำให้เขามีขนาดเล็กลงจนเหลือขนาดเท่ากับเด็กอายุ 7 ขวบ เพื่อที่จะสืบสวนตัวตนของชายชุดดำและนำยาแก้พิษกลับมา เขาได้สวมตัวตนใหม่ของเอโดกาวะ โคนัน โดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ จากนั้นโคนันก็ย้ายไปอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ที่สำนักงานนักสืบของพ่อเธอ โคโกโระ โมริ พ่อของรันเป็นนักสืบเอกชนที่ช่วยโคนันในภารกิจของเขาในการเปิดเผยความจริงเบื้องหลังชายชุดดำ