ขณะตั้งแคมป์กับโคนัน ดร.อากาสะ และเด็กๆ ในตอนกลางคืน ไฮบาระพบว่าตัวเองไม่มีใครให้โทรหา และกลับทิ้งโทรศัพท์ไว้โดยไม่มีใครแตะต้อง เกนตะที่ตื่นขึ้นมาและไปเข้าห้องน้ำ สังเกตเห็นโทรศัพท์จึงหยิบมันขึ้นมา และถามไฮบาระระหว่างทางกลับ การตอบสนองของเธอเป็นการหลีกเลี่ยง และความสงสัยก็เกิดขึ้นเมื่อ Genta เริ่มเดินละเมอ โคนันและดร.อากาสะรู้สึกสงสัยเป็นพิเศษเมื่อเห็นสีหน้าของไฮบาระ จากนั้นทั้งกลุ่มได้เดินทางไปยังอาคารทวินทาวเวอร์ซึ่งสูงที่สุดในเมืองนิชิตะมาจิ เพื่อพบกับโคโกโระ รัน และโซโนโกะ ซึ่งได้รับเชิญจากเจ้าของโทคิวะ มิโอะ ให้ไปเยี่ยมชมโครงสร้างก่อนการเปิดตัวอย่างยิ่งใหญ่ พวกเขาได้พบกับบุคคลต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับตึกแฝด รวมทั้งซาวางุจิ จินามิ, โอกิ อิวามัตสึ, คิซารางิ โฮซุย, ฮาระ โยชิอากิ และคาซามะ ฮิเดฮิโกะ ภายในอาคาร โคนันค้นพบร่องรอยของชายชุดดำและพบว่าไฮบาระโทรหาใคร แม้จะเหลือเวลาเพียงไม่กี่วันก่อนงานเปิดตัวก็ตาม เมื่อเวลาผ่านไป ผู้คนที่เกี่ยวข้องกับตึกแฝดก็ถูกฆ่าตายทีละคน โคนันยังคงไม่แน่ใจว่าการฆาตกรรมเหล่านี้เกี่ยวข้องกับชายชุดดำหรือไม่ อย่างไรก็ตาม เรื่องนี้ยังคงมีสถานที่เกิดเหตุอยู่ที่งานเปิดตัวอาคาร และตึกแฝดก็ถูกทิ้งระเบิดหลายชั้น เป้าหมายของชายชุดดำคือตามหาเชอร์รี่หรือไฮบาระ หลังจากอพยพแขกแล้ว โคนันและรันก็ติดอยู่บนชั้น 45 ของอาคารที่ลุกไหม้ รันต้องพึ่งพาความรักที่เธอมีต่อชินอิจิและยุทธวิธีอันร้ายแรงเพื่อความอยู่รอด เมื่อพวกเขาสามารถหลบหนีได้ พวกเขาก็พบว่าอายูมิ เก็นตะ มิซึฮิโกะ ไฮบาระ และผู้ก่อเหตุฆาตกรรมยังคงติดอยู่ภายในตึกแฝด โคแนนต้องกล้าเข้าอาคารอีกครั้งเพื่อช่วยเหลือพวกเขา เป้าหมายสูงสุดคือการช่วยเหลือทั้งเด็กและผู้กระทำผิด อย่างไรก็ตาม แผนการของร่างลึกลับในชุดดำนั้นถูกดำเนินการอย่างพิถีพิถัน ทำให้เกิดเพลิงไหม้ที่เริ่มต้นขึ้นที่ระดับ 70 และสุดท้ายก็ถึงจุดสุดยอดด้วยการระเบิดที่ลามไปถึงหลังคา การระเบิดเกิดขึ้นจากระเบิดที่ซ่อนอยู่ภายในห้องจัดเลี้ยงบนชั้น 75 ซึ่งมีตระกูลโคนันเข้าร่วมอยู่ หนทางเดียวในการเอาชีวิตรอดคือการที่ Ferrari เป็นของขวัญเป็นรางวัลในงาน ตระกูล Conans เหลือเวลาเพียงไม่กี่นาทีในการตัดสินชะตากรรมของพวกเขา

คุโดะ ชินิจิ นักสืบมัธยมปลายอายุ 17 ปี ได้รับฉายาว่า "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" ขณะที่แอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ เขาถูกโจมตีจากด้านหลังโดยร่างชุดดำอีกร่าง ผู้โจมตีทั้งสองถูกจับกุม และได้รับยาพิษที่คาดว่าผลิตโดยองค์กรของตนเอง อย่างไรก็ตาม พิษนั้นมีผลข้างเคียงที่ไม่คาดคิด ทำให้ชินอิจิหดตัวลงจนดูเหมือนเด็กอายุเจ็ดขวบ เขาใช้นามแฝงว่าเอโดกาวะ โคนัน โดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ และออกเดินทางเพื่อสืบสวนตัวตนของชายชุดดำและรับยาแก้พิษ เมื่อย้ายมาอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ที่สำนักงานนักสืบโมริ เขาจึงเริ่มการสืบสวน โคโกโระ พ่อของรันเป็นนักสืบเอกชน และยังมีส่วนร่วมในการตามล่าร่างเงาในชุดดำอีกด้วย