เกมดังกล่าวเต็มไปด้วยอันตราย โดยกำหนดให้ผู้เล่นต้องไขปริศนาหรือเผชิญกับผลที่ตามมาร้ายแรง ในกรณีนี้ เด็ก 50 คนตกลงที่จะเล่นเกมนี้ แต่ไม่นานพวกเขาก็พบว่าความล้มเหลวหมายถึงความตาย ฮิโรกิ เด็กหนุ่มที่มีพรสวรรค์ ท้ายที่สุดก็จบชีวิตลงเนื่องจากปริศนาของเกมนี้ที่รู้จักกันในชื่อ "นัวร์อาร์ค" โปรแกรมนี้ดัดแปลงเครื่อง Cocoon ให้กลายเป็นเครื่องเกมอันตราย เครื่อง Cocoon เปิดตัวครั้งแรกโดยมีเด็ก 50 คนเป็นผู้ทดสอบ แต่เกิดการฆาตกรรมเกิดขึ้นระหว่างช่วงทดลองงาน ผู้ตายได้ทิ้งข้อความใกล้ตายที่มีป้ายกำกับว่า "JTR" ซึ่งเป็นคำย่อของแจ็คเดอะริปเปอร์ ไว้เบื้องหลัง ทำให้โคแนนต้องเข้าร่วมเกมด้วย โคนันสามารถไขปริศนาในเกมได้หรือไม่? พ่อของโคนันจะสามารถไขคดีฆาตกรรมในโลกแห่งความเป็นจริงได้หรือไม่? นี่คือความลึกลับที่รออยู่บนถนนสู่ความตาย โดยมีเด็ก 50 คนพยายามพิชิตพวกเขา หากเกมจบลง ผู้เล่นทุกคนจะถูกไฟฟ้าช็อต ทำลายสมองในลักษณะคล้ายกับการรีเซ็ตญี่ปุ่น

คุโดะ ชินิจิ นักศึกษานักสืบวัย 17 ปี ได้รับรางวัล "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" จากทักษะอันโดดเด่นของเขา เขาสังเกตเห็นความสัมพันธ์ลับๆ ของบุคคลลึกลับที่สวมชุดสีดำอย่างลับๆ อย่างไรก็ตาม เขาไม่ทันได้ระวังโดยร่างชุดดำอีกคนหนึ่งที่โจมตีเขาจากด้านหลัง ต่อมาบุคคลทั้งสองถูกจับกุมและถูกบังคับให้กินยาพิษที่ถูกกล่าวหาว่าพัฒนาโดยองค์กรของพวกเขา สารพิษดังกล่าวทำให้ชินอิจิมีการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ ส่งผลให้เขาเหลือเพียงเด็กอายุ 7 ขวบ และทำให้เขาเลือกใช้ชื่อเล่นว่า เอโดกาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาจึงเริ่มสืบสวนชายชุดคลุมสีดำที่เข้าใจยากและนำยาแก้พิษกลับมา ในระหว่างนี้ เขาอาศัยอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ที่สำนักงานนักสืบของพ่อเธอ โคโกโระ พ่อของรันเป็นนักสืบเอกชนที่ช่วยให้พวกเขาพยายามเปิดเผยความจริงเบื้องหลังชายชุดดำ