ระหว่างการเดินทางของโคนันกับวงแหวนแห่งโชคชะตา เที่ยวบินระหว่างทางไปฮาโกดาเตะก็พบกับชะตากรรมอันน่าเศร้า นักบินถูกช็อกโกแลตวางยาพิษสาหัส ส่งผลให้เครื่องบินเสียชีวิตอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ แม้ว่าจะพยายามทุกวิถีทางในการลงจอดเครื่องบินอย่างปลอดภัย แต่สภาพของนักบินก็ทำให้พวกเขาไม่สามารถลงจอดได้
การกระทำของโคนันเพื่อช่วยเหลือผู้โดยสารบนเที่ยวบินนั้นไม่แน่นอน ในขณะเดียวกัน โจรก็ครุ่นคิดถึงว่าเขาจะขโมยแหวนแห่งโชคชะตาไปได้สำเร็จหรือไม่ การปะทะกันที่ใกล้จะเกิดขึ้นระหว่างโคแนนกับหัวขโมยสร้างภาระหนักใจให้กับฝ่ายหลัง โจรอดไม่ได้ที่จะสงสัยว่าผลลัพธ์สุดท้ายของการเผชิญหน้าครั้งนี้จะเป็นอย่างไร

คุโดะ ชินิจิ นักสืบวัยรุ่นอายุ 17 ปี ได้รับรางวัล "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" ในขณะที่แอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ ชายชุดดำอีกคนก็โจมตีเขาโดยไม่มีใครสังเกตเห็น พวกเขาถูกจับกุมและได้รับยาพิษที่ถูกสร้างขึ้นภายในองค์กรของพวกเขา น่าเสียดายที่พิษทำให้ชินิจิตัวเล็กลง และกลายเป็นเด็กอายุเจ็ดขวบชื่อเอโดกาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ ชินิจิจึงสืบสวนชายชุดดำและค้นหายาแก้พิษ เขาอาศัยอยู่กับ Mori Ran เพื่อนสมัยเด็กที่ Mori Detective Agency ซึ่งมีพ่อ Mori Kogoro เป็นนักสืบเอกชน พวกเขาร่วมกันสืบสวนชายชุดดำ