รันอยู่ร่วมกับโซโนโกะเพื่อนของเธอ เชิญโคนันและโมริ โคโกโระไปร่วมบนเรือสำราญสุดหรูชื่ออะโฟรไดท์ เรือลำนี้ออกเดินทางข้ามมหาสมุทรแปซิฟิกอันกว้างใหญ่ โดยเปิดให้เฉพาะสมาชิกของสังคมชั้นสูงเท่านั้น ไม่ว่าจะเป็นนักการเมือง นายทุนทางการเงิน และบุคคลที่ได้รับการคัดเลือก เพื่อให้สมกับชื่อเรือ ซึ่งแปลว่า "เทพีแห่งความงาม แอโฟรไดท์" และทำให้การเดินทางมีสีสันมากขึ้น พวกเขาจึงออกเดินทางด้วยความหวังสูง แต่การเดินทางของพวกเขากลับกลายเป็นความมืดมิดเมื่อมีการฆาตกรรมต่อเนื่องกันทำให้เรือสั่นสะเทือน โดยฆาตกรใช้ระเบิดเพื่อทำให้ชีวิตของผู้โดยสาร 600 คนตกอยู่ในความเสี่ยง รันยังถูกลักพาตัวไปในกระบวนการนี้ด้วยซ้ำ โคนัน โมริ โคโกโระ และทีมงานคนอื่นๆ จะสามารถขัดขวางแผนการของคนร้ายและประกันความปลอดภัยของรันได้หรือไม่? จะเกิดอะไรขึ้นกับสายสัมพันธ์ระหว่างรันและชินอิจิในช่วงเวลาอันวุ่นวายนี้? ความจริงเพียงหนึ่งเดียวเท่านั้นที่สามารถเปิดเผยได้

คุโดะ ชินิจิ นักสืบวัยรุ่นอายุ 17 ปี ได้รับรางวัล "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" ในขณะที่เขาแอบสังเกตการเจรจาลับระหว่างชายชุดดำสองคน ชินิจิก็ถูกโจมตีจากด้านหลังโดยชายอีกคนในชุดดำโดยที่เขาไม่รู้ตัว ในที่สุดทั้งสามคนก็ถูกจับได้และได้รับสารพิษซึ่งถูกกล่าวหาว่าสร้างขึ้นโดยองค์กรของพวกเขาเอง โชคไม่ดีที่พิษทำให้ชิอิจิต้องแปลงร่างจนเหลือขนาดเท่ากับเด็กอายุ 7 ขวบ ทำให้เขาต้องรับเอาชื่อเล่นว่า เอโดกาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาเริ่มสืบสวนชายชุดดำและค้นหายาแก้พิษ เพื่อบรรลุเป้าหมายนี้ เขาจึงย้ายไปอยู่กับ Mori Ran เพื่อนสมัยเด็ก และพ่อของเธอ Mori Kogoro นักสืบเอกชนที่ดูแลสำนักงานนักสืบ Mori