เกาะโคอูมิตั้งอยู่ใจกลางมหาสมุทรแปซิฟิก เปล่งประกายด้วยความงามอันน่าทึ่ง ใต้พื้นผิวมหาสมุทรมี "พระราชวังใต้น้ำ" ซากอารยธรรมโบราณที่หลับใหลมานานหลายศตวรรษ ที่นี่คือที่ซึ่งตำนานสมบัติล้ำค่าของ "แอนน์ โบนี่" และ "แมรี่ รีท" ได้รับการสืบทอดมากว่า 300 ปี ขณะไปพักผ่อนบนเกาะโคอุมิ โคนันคุงได้พบกับกลุ่มนักล่าสมบัติที่กำลังค้นหาสมบัติ อย่างไรก็ตาม เกิดข้อสงสัยขึ้นในกลุ่มนี้ เนื่องจากนักล่าคนหนึ่งถูกฉลามกลุ่มหนึ่งโจมตีและบาดเจ็บขณะค้นหา "พระราชวังใต้น้ำ" โคนันซึ่งสัมผัสได้ว่ามีบางอย่างผิดปกติ จึงร่วมมือกับไฮบาระเพื่อสืบสวนคดีฆาตกรรมนักล่าสมบัติและตำนานขุมทรัพย์ลึกลับ การสืบสวนนำไปสู่ความเชื่อมโยงระหว่างตำนานกับสัญลักษณ์ "จอลลี่ โรเจอร์" ซึ่งถือเป็นปริศนาชิ้นสำคัญ จุดสุดยอดของเรื่องราวเกิดขึ้นภายในพระราชวังที่จมอยู่ใต้น้ำของ Jolly Roger ซึ่งเป็นภาพที่กะลาสีเรือจากศตวรรษที่ 18 ไม่อยากจะเจอ นี่เป็นการอ้างอิงถึงธงหัวกะโหลกและกระดูกไขว้ที่ใช้เป็นสัญลักษณ์โดยโจรสลัด โจรสลัดผู้ฉาวโฉ่ล่องเรือภายใต้ธง Jolly Roger เพื่อแสวงหาการทำลายล้างข้ามมหาสมุทรอันกว้างใหญ่ แม้แต่ในยุคปัจจุบัน ก็ยังมีผู้คนที่เดินทางรอบโลกเพื่อค้นหาสมบัติที่น่าประหลาดใจ และมักเรียกกันว่า "นักล่าสมบัติ"

คุโดะ ชินิจิเป็นนักสืบนักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปีผู้ได้รับรางวัล "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" ขณะที่แอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ เขาถูกชายชุดดำอีกคนซุ่มโจมตีและวางยาพิษด้วยสารพิษที่คาดว่าผลิตโดยองค์กรของพวกเขา สารพิษนี้ทำให้ชินิจิหดตัวจนเขากลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ และต้องเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาจึงออกเดินทางสืบสวนชายลึกลับชุดดำและหาวิธีรักษาอาการของเขา เพื่อทำเช่นนั้น เขาย้ายไปอยู่กับเพื่อนในวัยเด็กของเขา โมริ รัน และพ่อของเธอ ซึ่งเป็นนักสืบเอกชนชื่อ โมริ โคโกโระ ที่สำนักงานนักสืบโมริ เป้าหมายของพวกเขาคือการเปิดเผยตัวตนของชายชุดดำ