ตอนนี้เริ่มต้นด้วยคดีฆาตกรรมหลายคดีที่มีเป้าหมายเป็นนักดนตรีเพียงคนเดียวที่เข้าเรียนในสถาบันดนตรีของอดีตนักเปียโนผู้โด่งดังโดยบังเอิญ ขณะเดียวกัน ครอบครัวโคนันได้รับเชิญให้เข้าร่วมคอนเสิร์ตเปิดการแสดงดนตรีครั้งแรกที่สร้างสรรค์โดยนักเปียโนคนดังกล่าว สถานที่ท่องเที่ยวหลักของคอนเสิร์ต ได้แก่ "ไปป์ออร์แกน" ซึ่งมีประวัติศาสตร์อันยาวนาน ไวโอลิน "Stradivarius" ที่มีชื่อเสียงระดับโลก และเสียงอันไพเราะของนักร้องที่มีพรสวรรค์ อย่างไรก็ตามเบื้องหลังของเหตุการณ์นี้ดูเหมือนจะมีเหตุการณ์น่าสงสัยเกิดขึ้นมากมาย เมื่อวันงานใกล้เข้ามาอย่างรวดเร็ว การระเบิดที่ไม่คาดคิดก็เกิดขึ้น และส่วนหนึ่งของห้องโถงดนตรีก็ถูกลดขนาดลงจนเหลือเพียงไฟนรกที่ลุกโชนในทันที

คุโดะ ชินิจิ นักศึกษานักสืบวัย 17 ปี ได้รับตำแหน่ง "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" ในปฏิบัติการลับ เขาสังเกตเห็นชายชุดดำกำลังเจรจาลับๆ โดยที่เขาไม่รู้ มีอีกคนหนึ่งในชุดดำโจมตีอย่างไม่คาดคิดจากด้านหลัง ผู้กระทำผิดถูกจับกุม และได้รับยาพิษที่อ้างว่าพัฒนาขึ้นภายในองค์กรของพวกเขา พิษนี้ทำให้ชินิจิต้องผ่านการเปลี่ยนแปลงทางกายภาพอย่างรุนแรง ทำให้เขากลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบชื่อเอโดกาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาจึงรับตัวตนใหม่นี้และออกเดินทางสืบสวนชายชุดดำและนำยาแก้พิษกลับมา เขาย้ายไปอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน และโคโกโระ พ่อของเธอ ซึ่งเป็นนักสืบเอกชนที่ช่วยเขาในการตามล่าชายชุดดำ