สึซึกิ จิโรคิจิเชิญชวนโคนัน กลุ่มนักสืบหนุ่ม และคนอื่นๆ ให้ไปเยี่ยมชมเรือเหาะเบสทรี เรือเหาะลำนี้ซึ่งใหญ่ที่สุดในโลก ตั้งอยู่เหนือเมืองโอซาก้า และทัวร์นี้ใช้เวลาประมาณแปดชั่วโมง เลดี้ออฟเดอะสกายซึ่งเป็นอัญมณีล้ำค่าก็อยู่บนเรือเหาะเช่นกันและเป็นเป้าหมายของหัวขโมยที่ฉาวโฉ่ ที่เลวร้ายยิ่งกว่านั้น กลุ่มผู้ก่อการร้ายแมวสยามแดงก็มีแผนที่จะยึดเรือเหาะลำนี้เพื่อวัตถุประสงค์ของตนเอง ตัวตนของผู้กระทำผิดยังคงเป็นปริศนา และมันก็ขึ้นอยู่กับโคนันที่จะคลี่คลายคดีและเปิดเผยตัวตนของผู้กระทำความผิด ไม่ว่าจะเป็นผู้ลักพาตัวหรือแมวสยามแดง

คุโดะ ชินิจิ นักเรียนมัธยมปลายและนักสืบชื่อดังในวัย 17 ปี ได้รับการขนานนามว่าเป็น "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" วันหนึ่งขณะที่แอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ เขาก็ถูกซุ่มโจมตีโดยร่างชุดดำอีกคนหนึ่ง คนร้ายทั้งสองถูกจับกุมและได้รับยาพิษที่เชื่อว่าผลิตโดยองค์กรของพวกเขา อย่างไรก็ตาม พิษทำให้ชิอิจิตัวเล็กลงอย่างมาก ทำให้เขากลายเป็นเด็กอายุเจ็ดขวบ ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ ชินิจิจึงเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน และพยายามไขปริศนาของชายชุดดำและนำยาแก้พิษกลับมา เขาอาศัยอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ซึ่งมีพ่อ โคโกโระ โมริ เป็นนักสืบเอกชน พวกเขาร่วมมือกันเพื่อเปิดเผยความลับของคนผิวดำ