เพื่อเป็นการฉลองครบรอบ 15 ปีที่โคนันดำรงอยู่ ผู้ชมจะได้รับการปฏิบัติอย่างน่าสงสัยเป็นเวลา 15 นาที ซึ่งชีวิตของโคนันตกอยู่ในอันตราย ผู้ว่าราชการกรุงโตเกียวได้รับจดหมายขู่แจ้งว่ารถไฟใต้ดินที่เขาโดยสารอยู่จะเกิดระเบิด โชคดีที่โคนันสามารถเปิดเผยภัยคุกคามและหลีกเลี่ยงวิกฤติได้ทันเวลา ขณะกำลังสืบสวนในพื้นที่หิมะศักดิ์สิทธิ์กับเพื่อนๆ โคนันก็ตระหนักได้ว่าความลึกลับที่อยู่ในมือนั้นเกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ก่อนหน้านี้ที่เกิดขึ้นเมื่อแปดปีก่อนในเมืองหุบเขา ในเหตุการณ์นั้น เด็กชายชื่อ Tachihara Touma ตกลงมาจากหน้าผาและสูญเสียความทรงจำเมื่อฟื้นขึ้นมา โคนันอนุมานได้ว่ากุญแจสำคัญในการไขปริศนานั้นอยู่ที่ความทรงจำที่หายไปของโทมะ และเขาก็ตั้งใจที่จะเปิดเผยความทรงจำเหล่านั้น อย่างไรก็ตาม วิกฤติร้ายแรงเกิดขึ้นเมื่อเขื่อนขนาดยักษ์ถูกติดตั้งด้วยระเบิดเวลา และเหลือเวลาเพียง 15 นาทีก่อนที่มันจะระเบิด ในกรณีที่เขื่อนแตก น้ำที่พุ่งออกมาจะท่วมเมืองอย่างร้ายแรง อุณหภูมิที่เย็นยะเยือกห่อหุ้มฉัน ทำให้ฉันจมดิ่งลงสู่ความหนาวเย็นลึกๆ นี่คือโลกของยอดนักสืบโคนัน ที่ซึ่งซีรีส์ในรูปแบบภาพยนตร์เฉลิมฉลองครบรอบ 15 ปีด้วยการผจญภัยอันน่าตื่นเต้นในภูมิประเทศน้ำแข็งที่ปกคลุมไปด้วยหิมะ ในสภาพแวดล้อมเช่นนี้ ทุกช่วงเวลาจะกลายเป็นการต่อสู้เพื่อเอาชีวิตรอด ซึ่งแม้แต่ความลังเลแม้แต่น้อยก็อาจหมายถึงความแตกต่างระหว่างความเป็นและความตาย กุญแจสำคัญในการมีชีวิตอยู่คือการหาวิธีที่จะอดทนต่ออุปสรรคต่างๆ

คุโดะ ชินิจิ นักสืบวัย 17 ปีในโรงเรียนมัธยมปลาย ได้รับฉายาว่า "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" และแอบสังเกตความสัมพันธ์ลับๆ ของชายชุดดำ โดยที่เขาไม่รู้ มีอีกคนหนึ่งในชุดดำโจมตีจากด้านหลังอย่างไม่คาดคิด ซึ่งนำไปสู่การจับกุมในเวลาต่อมา อย่างไรก็ตาม พวกเขาได้รับยาพิษที่ผลิตโดยองค์กรของพวกเขาเอง ทำให้ชินอิจิหดตัวลงจนกระทั่งเขากลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ ด้วยความช่วยเหลือของดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาจึงใช้นามแฝงว่าเอโดกาวะ โคนัน และออกเดินทางเพื่อสืบสวนชายชุดดำลึกลับและจัดหายาแก้พิษ ต่อมาเขาย้ายไปอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ที่สำนักงานนักสืบโมริ ซึ่งมีพ่อโคโกโระเป็นนักสืบเอกชน ทั้งหมดนี้ในนามของการเปิดเผยความจริงเบื้องหลังชายชุดดำ