สนามฟุตบอลสั่นไหวด้วยความลึกลับอันน่าตื่นเต้นที่ถูกเปิดเผยท่ามกลางความร้อนระอุของญี่ปุ่น เอโดกาวะ โคนัน, ไฮบาระ และกลุ่มนักสืบเยาวชนของพวกเขาเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลด้วยกัน เมื่อมีโทรศัพท์เข้ามาในสำนักงานนักสืบโมริ รถที่จอดอยู่หน้าสำนักงานเกิดระเบิด และเกิดระเบิดอื่นๆ ตามมา วิธีเดียวที่จะหยุดความบ้าคลั่งได้คือไขปริศนาที่ผู้กระทำผิดทิ้งไว้เบื้องหลัง เหลือเวลาเพียง 45 นาที โคนันต้องถอดรหัสรหัสของผู้ร้ายให้ทันเวลาเพื่อป้องกันการระเบิดครั้งต่อไป แต่นั่นไม่ใช่ทั้งหมด โคแนนยังต้องคาดเดาถึงแรงจูงใจของผู้กระทำผิดและค้นหาเป้าหมายต่อไป คนร้ายยังส่งจดหมายท้าทายถึงโคโกโระ ทำให้ทุกคนสงสัยเกี่ยวกับตัวตนของคนร้ายและเหตุผลในการกำหนดเป้าหมายไปที่โคโกโระ ท่ามกลางความสับสนอลหม่าน คำถามที่ว่ากองหน้าคนที่ 11 จะเป็นใครนั้นยังไม่มีคำตอบ ขณะที่ญี่ปุ่นถูกเผาด้วยแผนการอันอันตราย หัวใจของรันยังคงเป็นความหวังสุดท้าย ในขณะที่เธอยังคงเชื่อในตัวชินิจิ

คุโดะ ชินิจิ นักสืบอัจฉริยะวัย 17 ปี ได้รับรางวัล "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" วันหนึ่งเขาแอบเห็นการพบกันลับๆ ระหว่างชายชุดคลุมดำกับปาร์ตี้ที่ไม่มีใครรู้จัก ชายชุดดำอีกคนหนึ่งพุ่งเข้ามาโจมตีเขาโดยไม่รู้ตัว ผู้โจมตีทั้งสองถูกจับกุมและได้รับยาพิษที่ผลิตภายในองค์กรของพวกเขา น่าเสียดายที่พิษนี้ทำให้ชินอิจิหดตัวจนเหลือเด็กอายุ 7 ขวบ ทำให้เขาต้องใช้ชื่อเอโดกาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือของดร.อากาสะ ฮิโรชิ โคนันจึงสืบสวนชายชุดดำและพยายามหายาแก้พิษเพื่อฟื้นฟูรูปร่างดั้งเดิมของเขา โคนันอาศัยอยู่ที่สำนักงานนักสืบโมริร่วมกับโมริ รัน เพื่อนสมัยเด็กของเขา ซึ่งมีพ่อ โมริ โคโกโระ เป็นนักสืบเอกชน โคนันสืบสวนชายชุดดำด้วยความหวังว่าจะพบเบาะแสที่นำไปสู่ยาแก้พิษ