ในระหว่างการเปิดที่ท่าเรือ Maizuru ในจังหวัดเกียวโต นักสืบรุ่นเยาว์รวมทั้ง Conan, Ran และ Kogoro ได้เข้าร่วมในกิจกรรมการเดินทางทางทะเลบนเรือรบ Aegis ที่ดำเนินการโดยกองกำลังป้องกันตนเอง ประสบการณ์การล่องเรือบนเรือรบที่ติดตั้งอาวุธล้ำสมัยนั้นช่างน่าเบิกบานใจ จนกระทั่งมีเสียงดังกึกก้องมาขัดขวางความตื่นเต้น ความโกลาหลเกิดขึ้นเมื่อมีการค้นพบศพที่มีแขนซ้ายหายไปบนเรือ สถานการณ์เลวร้ายลงเมื่อเปิดเผยว่าผู้เสียชีวิตเป็นเจ้าหน้าที่กองกำลังป้องกันตนเอง พบร่องรอยต้องสงสัยในที่เกิดเหตุ สร้างความตื่นตระหนกแก่ผู้อยู่ในเหตุการณ์

คุโดะ ชินิจิ นักสืบนักเรียนมัธยมปลายในวัย 17 ปี ได้รับการยกย่องให้เป็น "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" เขาแอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ แต่ไม่รู้ว่ามีชายชุดดำอีกคนที่โจมตีเขาจากด้านหลัง พวกเขาทั้งสองถูกจับกุมและฉีดยาพิษโดยอ้างว่ามีการผลิตภายในองค์กรของพวกเขา น่าเสียดายที่พิษทำให้ชินอิจิหดตัวเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาจึงใช้ชื่อเอโดกาวะ โคนัน และออกเดินทางเพื่อสืบสวนร่องรอยของชายชุดดำและนำยาแก้พิษกลับมา ต่อมาเขาย้ายไปอยู่กับโมริ รัน เพื่อนสมัยเด็กที่สำนักงานนักสืบโมริ โคโกโระ โมริ พ่อของรันเป็นนักสืบเอกชน และพวกเขาร่วมกันทำงานเพื่อค้นหาตัวตนของชายชุดดำ