ขณะที่พวกโคนันกำลังชมทิวทัศน์อันน่าทึ่งจากเบลล์ทรีทาวเวอร์ ก็มีเสียงปืนดังขึ้นอย่างฉับพลัน ทำให้กระจกแตกและแทงทะลุร่างที่ไม่มีชีวิต ฉันมองดูคนคนหนึ่งเสียชีวิตต่อหน้าต่อตาฉันด้วยความสยดสยอง ต่อมา โคนันและนักเรียนมัธยมปลาย เซระ มาสึมิ ได้เปิดการสอบสวนอย่างลับๆ ในคดีสไนเปอร์นี้ ซึ่งเป็นอาชญากรรมที่น่างงงวยและไม่เคยเกิดขึ้นมาก่อน ตำรวจญี่ปุ่นและเอฟบีไอร่วมมือกันจัดตั้ง "หน่วยสืบสวนอาชญากรรมพิเศษ" เพื่อปราบปรามคดีนี้

คุโดะ ชินิจิ นักสืบมัธยมปลายวัย 17 ปี ได้รับการยกย่องให้เป็น "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" จากความสำเร็จของเขา ในระหว่างปฏิบัติการลับเพื่อสังเกตการเจรจาลับที่เกี่ยวข้องกับชายชุดคลุมสีดำ คุโดะถูกชายชุดดำอีกคนหนึ่งโจมตีจากด้านหลังโดยที่เขาไม่รู้ตัว ผู้ต้องสงสัยทั้งสองถูกจับกุมและฉีดยาพิษที่คาดว่าน่าจะผลิตภายในองค์กรของตน อย่างไรก็ตาม พิษดังกล่าวทำให้คูโดะตัวเล็กลง และทำให้เขากลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบได้อย่างมีประสิทธิภาพ ด้วยความช่วยเหลือของดร. อากาสะ ฮิโรชิ คุโดะจึงใช้ชื่อเอโดกาวะ โคนัน และเริ่มตรวจสอบตัวตนของชายชุดดำเพื่อรับยาแก้พิษ เขาอาศัยอยู่ที่สำนักงานนักสืบโมริกับเพื่อนสมัยเด็กของเขา โมริ รัน ซึ่งมีพ่อโคโกโระเป็นนักสืบเอกชน พวกเขาร่วมกันตั้งเป้าที่จะเปิดเผยความจริงเบื้องหลังองค์กรและสมาชิก