คุโดะ ชินิจิ นักเรียนมัธยมปลายและนักสืบในวัย 17 ปี กำลังแอบสังเกตการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ ทำให้เขาได้รับการยกย่องให้เป็น "นักสืบผู้ยิ่งใหญ่แห่งปีของเฮเซ" อย่างไรก็ตาม เขาไม่รู้ว่ามีชายชุดดำอีกคนที่โจมตีเขาจากด้านหลัง ชายทั้งสองถูกจับกุมและถูกบังคับให้กินยาพิษที่ผลิตโดยองค์กรของตนเอง พิษมีผลข้างเคียงที่คาดไม่ถึงต่อชินอิจิ ทำให้เขาหดตัวจนเหลือขนาดเท่ากับเด็กอายุเจ็ดขวบ ด้วยความช่วยเหลือของดร.อากาสะ ฮิโรชิ ชินิจิจึงใช้นามแฝงว่าเอโดกาวะ โคนัน เพื่อดำเนินการสืบสวนชายชุดดำและรับยาแก้พิษต่อไป เขาอาศัยอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ที่สำนักงานนักสืบโมริ โดยที่โคโกโระ พ่อของรันเป็นนักสืบเอกชน เป้าหมายสูงสุดของการสืบสวนคือการเปิดเผยตัวตนของชายชุดดำ