ในอ่าวของเกาะฮาชิโจในโตเกียว โครงสร้างใต้ทะเลที่เรียกว่า 'แปซิฟิคบาย' ถูกสร้างขึ้นเพื่อสร้างการเชื่อมต่อทั่วโลกระหว่างกล้องวงจรปิดของตำรวจ วิศวกรจากหลายประเทศมารวมตัวกันที่สถานที่แห่งนี้โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเชื่อมโยงเครือข่ายที่ได้รับการควบคุมของ Europol เข้ากับการใช้งานจริง นอกจากนี้ ยังมีการทดสอบเพื่อประเมินการนำเทคโนโลยีใหม่ไปใช้ โดยเฉพาะในระบบจดจำใบหน้า ในขณะเดียวกัน กลุ่มนักสืบรุ่นเยาว์ได้รับคำเชิญจากโซโนโกะให้ไปร่วมเป็นสักขีพยานในการพบเห็นวาฬที่เกาะฮาจิโจ ในระหว่างนี้ โคนันได้รับโทรศัพท์จากโอกิยะ สุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) แจ้งเรื่องการฆาตกรรมเจ้าหน้าที่ยูโรโพลโดยจินในเยอรมนี เมื่อสัมผัสได้ถึงลางสังหรณ์ โคนันจึงแอบขึ้นเรือลาดตระเวนที่บรรทุกคุโรดะ ฮโยเอและเพื่อนร่วมงานจากกรมตำรวจ เพื่อเดินทางไปยังหน่วยรักษาความปลอดภัย 'แปซิฟิคบาย' เขาสามารถแทรกซึมเข้าไปในอาคารได้เพียงเพื่อจะค้นพบสถานการณ์ที่น่าวิตก - วิศวกรหญิงสาวคนหนึ่งถูกลักพาตัวโดยองค์กรลึกลับที่แต่งกายด้วยชุดสีดำ นอกจากนี้ องค์กรยังได้รับ USB ที่มีข้อมูลสำคัญ... ในขณะที่ใบพัดเรือส่งเสียงที่ไม่มั่นคงในมหาสมุทร ร่างลึกลับก็เข้ามาใกล้ไฮบาระซึ่งกำลังตั้งแคมป์บนเกาะฮาชิโจ และเมื่อมีการเปิดกล่องดำโดยไม่ได้รับอนุญาต ความลับที่ซ่อนเร้นจากอดีตก็กลับมาปรากฏอีกครั้ง