คุโดะ ชินิจิ นักเรียนมัธยมปลายและนักสืบชื่อดังที่ได้รับการยกย่องว่าเป็น "นักสืบที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในยุคเฮเซ" ผจญภัยไปพร้อมกับรัน โมริ เพื่อนสมัยเด็กของเขา ผู้ซึ่งเพิ่งคว้าแชมป์คาราเต้ระดับเขตได้ไม่นาน หลังจากคลี่คลายคดีได้ ชินิจิแอบเห็นการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ น่าเสียดายที่ชายชุดดำอีกคนหนึ่งโจมตีเขา และก่อนที่เขาจะหมดสติไป เขาถูกบังคับให้กินยาพิษ APTX4869 ที่องค์กรพัฒนาขึ้นเข้าไป พิษทำให้ชินอิจิหดตัวลงจนกระทั่งเขากลายเป็นเด็กชายอายุ 7 ขวบ และเขาเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน เพื่อหาวิธีรักษาและฟื้นคืนร่างปกติ โคนันจึงขอความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ และสืบสวนร่องรอยของชายชุดดำและพิษ โคนันเริ่มต้นอาศัยอยู่กับรัน โมริที่สำนักงานนักสืบโมริ ซึ่งโคโกโระ โมริ พ่อของเธอเป็นนักสืบเอกชน แต่โคนันไม่สามารถพึ่งพาเขาได้เพียงลำพัง แต่เขากลับใช้สติปัญญาและสิ่งประดิษฐ์ของดร.อากาสะ ฮิโรชิเพื่อแก้ไขคดีต่างๆ แทนที่จะไล่ตามชายชุดดำ โคโกโระตัดสินใจรอให้นายจ้างแจ้งข้อมูลเกี่ยวกับที่อยู่ของเขา ในขณะเดียวกัน เนื่องจากเขาติดอยู่ในร่างของเด็ก เขาจึงสมัครเข้าเรียนในโรงเรียนประถมศึกษาเทตัน และเริ่มขบวนการนักสืบเยาวชนร่วมกับโยชิดะ เพื่อนร่วมชั้นของเขา อายูมิ, มิสึฮิโกะ สึบุรายะ และโคจิมะ เก็นตะ ยังคงค้นหาชายชุดดำและเพื่อรักษาอาการของโคนัน ระหว่างทาง พวกเขาพบกับคดีต่างๆ และบุคคลสำคัญที่เกี่ยวข้องกับองค์กรชุดดำ เช่น มิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายที่รอดชีวิต ชิโฮะหรือไฮบาระ ไอ อดีตสมาชิกองค์กรและหนึ่งในนักวิทยาศาสตร์เบื้องหลังการสร้างยา APTX4869 ที่จะย่อโคนัน ใช้ชื่อรหัสว่าเชอร์รี่ และเข้าร่วมกลุ่มเพื่อค้นหาวิธีรักษา อย่างไรก็ตาม ยาใดๆ ที่พวกเขาพบจะมีผลเพียงชั่วคราวเท่านั้น

 

ข่าวการอยู่รอดของคุโดะ ชินิจิหลังจากการหายตัวไปเป็นเวลานานได้แพร่สะพัดราวกับไฟป่า โคนันกินยาเพื่อกลับคืนสู่ร่างกายของตัวเองชั่วคราวเพื่อไปทัศนศึกษาที่โรงเรียน แต่เขาพบว่าตัวเองพัวพันกับคดีนี้ โชคดีที่ผู้ที่รู้ตัวตนที่แท้จริงของโคนันช่วยระงับข่าวก่อนที่จะสร้างปัญหาใดๆ ครอบครัวคุโดะประชุมกันเพื่อหารือเกี่ยวกับเรื่องนี้ และพบว่าบุคคลที่ถูก RUM สังหารได้ทิ้งเบาะแสซึ่งในที่สุดก็นำไปสู่การตระหนักว่าเจ้านายมีความเกี่ยวข้องกับคาราสุมะ เรนยะ หนึ่งในเศรษฐีที่มีอิทธิพลทางการเมืองมากที่สุดของญี่ปุ่นซึ่งเชื่อกันว่าเสียชีวิตแล้ว . ด้วยเหตุนี้ ผู้ปกครองจึงตัดสินใจอยู่ในญี่ปุ่นต่อไปเพื่อไตร่ตรองการเคลื่อนไหวครั้งต่อไป และกำหนดแผนเพื่อยืนยันว่าพวกเขาทำภารกิจสำเร็จไปแล้วครึ่งหนึ่ง

นักสืบโคนันเป็นมังงะที่ดำเนินมาระยะหนึ่งแล้ว และเป็นที่รู้จักจากการดำเนินคดีที่ค่อยๆ ดำเนินไป ความสัมพันธ์ของตัวละคร และการเล่าเรื่องที่ครอบคลุมขององค์กรชุดดำ แม้ว่าจะไม่มีคำแถลงอย่างเป็นทางการเกี่ยวกับบทสรุปของซีรีส์นี้ แต่แฟนนิยายจำนวนมากที่บรรยายถึงตอนจบที่เป็นไปได้นั้นเขียนโดยผู้ติดตามเรื่องราวที่กระตือรือร้น