คุโดะ ชินิจิ นักสืบนักเรียนมัธยมปลายในวัย 17 ปี ได้รับการยกย่องว่าเป็น "นักสืบที่ยิ่งใหญ่ที่สุดแห่งยุคเฮเซ" วันหนึ่งเขาออกไปข้างนอกกับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ซึ่งกลายเป็นแชมป์คาราเต้ระดับเขต หลังจากคลี่คลายคดีได้ ชินิจิแอบเห็นการเจรจาลับๆ ของชายชุดดำ อย่างไรก็ตาม เขาถูกโจมตีโดยชายชุดดำอีกคนและถูกฉีด APTX4869 ซึ่งเป็นยาพิษที่องค์กรคิดค้นขึ้น พิษทำให้ชินอิจิตัวหดตัวลงจนเหลือขนาดเท่าเด็กชายอายุ 7 ขวบ และเขาเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ โคนันจึงสืบสวนชายในชุดดำและค้นหายาแก้พิษเพื่อกลับคืนสู่ร่างเดิมของเขา โคนันไปอาศัยอยู่กับโมริ รันที่สำนักงานนักสืบโมริ ซึ่งดูแลโดยโคโกโระ พ่อของรัน ซึ่งเป็นนักสืบเอกชน อย่างไรก็ตาม โคนันไม่สามารถพึ่งพาความช่วยเหลือของโคโกโระได้ และต้องใช้สติปัญญาและสิ่งประดิษฐ์ของดร.อากาสะ ฮิโรชิเพื่อแก้ไขคดีต่างๆ แทนที่จะไล่ตามชายชุดดำอย่างแข็งขัน โคโกโระกลับมีชื่อเสียงในขณะที่รอให้นายจ้างติดตามที่อยู่ของบุคคลนั้น ในขณะเดียวกัน เนื่องจากอยู่ในร่างของเด็ก เขาจึงกลับไปที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตัน และร่วมมือกับโยชิดะ เพื่อนร่วมชั้นของเขาเพื่อก่อตั้งขบวนการนักสืบเยาวชน อายูมิ, มิสึฮิโกะ สึบุรายะ และโคจิมะ เก็นตะ ยังคงค้นหาชายชุดดำและยาแก้พิษต่อรูปร่างปัจจุบันของโคนัน ในระหว่างการสืบสวน พวกเขาได้พบกับบุคคลต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับองค์กรชุดดำ เช่น มิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายของกลุ่มที่เหลืออยู่ บุคคลดังกล่าวอีกรายคือชิโฮะหรือที่รู้จักกันในชื่อไฮบาระ ไอ ซึ่งมีชื่อรหัสว่าเชอร์รี่ เธอเป็นอดีตสมาชิกของ Black Organisation และเป็นส่วนหนึ่งของทีมที่สร้างยา APTX4869 ซึ่งก่อให้เกิดสถานการณ์ปัจจุบันของโคแนน กลุ่มนี้ทำงานร่วมกันเพื่อหาวิธีแก้ปัญหาแบบถาวร แต่ยาที่พวกเขาค้นพบนั้นให้ผลเพียงชั่วคราวเท่านั้น

 

ข่าวการปรากฏตัวอย่างน่าอัศจรรย์ของคุโดะ ชินิจิอีกครั้งหลังจากการหายตัวไปเป็นเวลานานได้แพร่สะพัดราวกับไฟป่า ในระหว่างนี้ โคนันกินยาแก้พิษชั่วคราวเพื่อเปลี่ยนกลับไปเป็นแบบเดิมสำหรับการทัศนศึกษา แต่กลับถูกพัวพันกับคดีนี้โดยไม่ได้ตั้งใจ โชคดีที่พันธมิตรที่เป็นองคมนตรีต่อตัวตนที่แท้จริงของโคนันสามารถระงับข่าวการกลับมาของเขาได้ทันท่วงที ครอบครัวคุโดะประชุมกันเพื่อหารือเกี่ยวกับการดำเนินการครั้งต่อไป คำให้การที่กำลังจะตายของเหยื่อของ RUM ทำให้เกิดเบาะแสที่นำไปสู่การค้นพบความเชื่อมโยงของเจ้านายกับ Karasuma Renya บุคคลผู้มั่งคั่งและมีอิทธิพลทางการเมืองซึ่งเชื่อว่าเสียชีวิตไปแล้วในที่สุด เป็นผลให้ผู้ปกครองตัดสินใจอยู่ในญี่ปุ่นต่อไปเพื่อพิจารณาทางเลือกต่างๆ การพัฒนานี้นับเป็นก้าวสำคัญในการสืบสวน โดยครึ่งหนึ่งของความลึกลับก็ถูกเปิดเผยในที่สุด

Detective Conan เป็นซีรีส์มังงะที่มีเนื้อหาครอบคลุมหลายเล่ม โดยมีเนื้อเรื่องที่ซับซ้อนซึ่งเกี่ยวข้องกับคดีต่างๆ มากมาย ความสัมพันธ์ของตัวละคร และภัยคุกคามขององค์กรชุดดำที่คุกคามอยู่ตลอดเวลา แม้ว่าซีรีส์นี้ยังไม่ได้เปิดเผยรายละเอียดใด ๆ เกี่ยวกับบทสรุปในที่สุด แต่แฟน ๆ หลายคนก็ต่างพากันสร้างตอนจบของตัวเองผ่านแฟนฟิคชั่นที่ติดตามการผจญภัยของโคนันและคณะ