เมื่อจอมโจรคิดส่งสารเตือนว่าจะขโมยดาบญี่ปุ่นโบราณซึ่งเคยเป็นของ ฮิจิคาตะ โทชิโซ รองหัวหน้ากลุ่มชินเซ็นกุมิ ที่จัดแสดงอยู่ในคลังของตระกูลโอโนเอะ ณ เมืองฮาโกดาเตะ ฮอกไกโด โคนัน, ฮัตโตริ เฮย์จิ และเพื่อนๆ ที่มาร่วมการแข่งขันเคนโด้ในเมืองเดียวกัน จึงต้องเข้ามาพัวพันกับคดีนี้​

ในวันเกิดเหตุ เฮย์จิสามารถจับผิดการปลอมตัวของคิดได้และไล่ตามเขาไปจนถึงดาดฟ้า ทั้งสองปะทะกันด้วยดาบอย่างดุเดือด ขณะเดียวกัน มีการพบศพในย่านโกดังของฮาโกดาเตะ โดยมีบาดแผลเป็นรูปกากบาทบนหน้าอก การสืบสวนชี้ไปที่ชายชาวอเมริกันเชื้อสายญี่ปุ่นที่ถูกขนานนามว่า "พ่อค้าแห่งความตาย" ซึ่งเป็นพ่อค้าอาวุธในเอเชีย เขากำลังตามหาสมบัติล้ำค่าที่เชื่อว่าถูกซ่อนไว้โดยบรรพบุรุษของตระกูลโอโนเอะ ซึ่งอาจเป็นอาวุธลับที่สามารถเปลี่ยนแปลงผลของสงครามได้ ​