คุโดะ ชินิจิ นักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปี หลงรักโมริ รัน ลูกสาวของเพื่อนโมริ โคโกโระ ซึ่งเขามักจะถูกเรียกให้ตามหา ครั้งหนึ่งเขาเคยได้รับการยกย่องว่าเป็นนักสืบยอดเยี่ยมแห่งปีของเฮเซ และกำลังเฝ้าดูการเจรจาของชายชุดดำอย่างลับๆ เมื่อเขาถูกชายชุดดำอีกคนซุ่มโจมตี พวกเขาถูกจับและได้รับยาพิษซึ่งมีข่าวลือว่าถูกสร้างขึ้นโดยองค์กรของพวกเขา พิษทำให้ชินิจิตัวเล็กลง และเขาได้เปลี่ยนตัวตนใหม่ของเอโดกาวะ โคนัน เด็กอายุเจ็ดขวบ เขาขอความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิในการสืบสวนร่องรอยของชายชุดดำและนำยาแก้พิษกลับมา เขาย้ายไปอยู่กับเพื่อนสมัยเด็ก โมริ รัน ที่สำนักงานนักสืบโมริ ซึ่งโคโกโระ พ่อของเธอทำงานเป็นนักสืบเอกชน อย่างไรก็ตาม โคโกโระไม่ใช่นักสืบที่เชื่อถือได้ ด้วยเหตุนี้ โคนันจึงใช้อุปกรณ์ที่สร้างโดยดร.อากาสะ ฮิโรชิเพื่อไขคดีต่างๆ แทนโคโกโระ โดยมีจุดประสงค์เพื่อทำให้โคโกโระเป็นที่รู้จัก ยังไม่ทราบที่อยู่ของชายชุดดำ ส่งผลให้ชินอิจิต้องกลับไปเป็นนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตัน ร่วมกับเพื่อนร่วมชั้น Yoshida, Ayumi, Tsuburaya, Mitsuhiko และ Kojima Genta เขาก่อตั้งขบวนการนักสืบเยาวชนเพื่อช่วยในการค้นหาชายชุดดำและยาแก้พิษของโคนัน ขณะที่พวกเขาดำดิ่งลงลึกในการสืบสวน พวกเขาก็พบกับคดีต่างๆ และค้นพบบุคคลสำคัญ เช่น มิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายขององค์กรชุดดำ และมิยาโนะ ชิโฮะ หรือ ไฮบาระ ไอ อดีตสมาชิกขององค์กรเดียวกัน นอกจากนี้ พวกเขายังค้นพบนักวิทยาศาสตร์ที่อยู่เบื้องหลังการประดิษฐ์ยา APTX4869 ที่ทำให้โคแนนมีรูปร่างเล็ก แม้ว่าภารกิจของพวกเขาจะซับซ้อน แต่นักสืบโคนันก็ดำเนินตามประเพณีที่มีมายาวนานในการบอกเล่าเรื่องราวอันน่าติดตามของคดีต่างๆ และความสัมพันธ์ของตัวละคร ในขณะเดียวกันก็ต้องดำเนินไปตามกลไกที่ดำเนินไปอย่างช้าๆ ขององค์กรชุดดำ ณ ขณะนี้ ยังไม่มีการกล่าวถึงการสิ้นสุดของเรื่องราวอันน่าหลงใหลนี้