คุโดะ ชินิจิเป็นนักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปีที่เป็นนักสืบเหมือนกัน เขาหลงรักโมริ รัน ลูกสาวของโมริ โคโกโระ ซึ่งชินอิจิเรียกร้องให้คลี่คลายคดีอยู่บ่อยครั้ง วันหนึ่ง ขณะที่แอบสังเกตการเจรจาของชายชุดดำ ชินอิจิก็ถูกชายชุดดำอีกคนซุ่มโจมตี ต่อมาชายทั้งสองถูกจับกุมและได้รับยาพิษซึ่งถูกกล่าวหาว่าผลิตโดยองค์กรของพวกเขา อย่างไรก็ตาม พิษดังกล่าวทำให้ร่างกายของชินอิจิหดตัวลงจนกระทั่งเขากลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ ด้วยความช่วยเหลือของดร.อากาสะ ฮิโรชิ ชินิจิจึงเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน และเริ่มสืบสวนที่อยู่ของชายชุดดำรวมทั้งค้นหายาแก้พิษเพื่อทำให้ร่างกายของเขากลับคืนสู่รูปแบบดั้งเดิม โคนันไปอาศัยอยู่กับรัน เพื่อนสมัยเด็กที่ทำงานที่สำนักงานนักสืบโมริ โคโกโระ พ่อของรันเป็นนักสืบเอกชน แต่เขาไม่ค่อยน่าเชื่อถือนัก ด้วยเหตุนี้ โคนันจึงใช้อุปกรณ์ที่ดร.อากาสะสร้างขึ้นเพื่อช่วยโคโกโระในการไขคดีต่าง ๆ เพื่อให้เขาเป็นที่รู้จักมากขึ้น ไม่มีใครรู้ว่าชายชุดดำอยู่ที่ไหน และสถานการณ์ของชินอิจิในการติดอยู่ในร่างของเด็กทำให้เขาต้องเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตันอีกครั้ง เขารวบรวมกลุ่มเพื่อน Yoshida, Ayumi, Tsuburaya, Mitsuhiko และ Kojima Genta เพื่อก่อตั้งชมรมนักสืบวัยรุ่น ขณะค้นหาชายชุดดำและรักษาอาการของเขา พวกเขาก็พบกับกรณีต่างๆ และค้นพบบุคคลสำคัญ รวมถึงมิยาโนะ อาเคมิ และมิยาโนะ ชิโฮะ ซึ่งทั้งคู่เป็นสมาชิกขององค์กรชุดดำ นอกจากนี้ พวกเขายังได้พบกับนักวิทยาศาสตร์ที่สร้าง APTX4869 ซึ่งเป็นยาที่ทำให้โคนันมีขนาดเล็กลง แม้จะมีการรวมเอาความสัมพันธ์ของตัวละคร ความรัก และองค์กรคนผิวดำที่ดำเนินไปอย่างช้าๆ ไว้ด้วย แต่นักสืบโคนันก็ยังเป็นเพียงคดีต่างๆ มากมาย จุดจบของมันยังไม่ได้รับการเปิดเผย