Kudo Shinichi เป็นนักสืบนักเรียนมัธยมปลาย อายุ 17 ปี ซึ่งมีจุดอ่อนสำหรับ Mori Ran ลูกสาวของ Mori Kogoro ซึ่ง Shinichi มักถูกเรียกตัวโดยบ่อยครั้ง นักสืบที่เก่งที่สุดแห่งปีของ Heisei คอยจับตาดูการเจรจาของชายชุดดำอย่างลับๆ โดยที่เขาไม่รู้ มีชายชุดดำอีกคนหนึ่งแอบเข้ามาโจมตีเขา พวกเขาทั้งสองถูกจับกุมและได้รับยาพิษที่ผลิตขึ้นภายในองค์กรของพวกเขา อย่างไรก็ตาม พิษดังกล่าวทำให้ชินิจิตัวเล็กลงจนกระทั่งเขากลายเป็นเด็กอายุเจ็ดขวบ ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ เขาเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนัน และเริ่มตรวจสอบร่องรอยของชายชุดดำเพื่อนำยาแก้พิษกลับมา เขาไปอาศัยอยู่กับโมริ รัน เพื่อนสมัยเด็กที่สำนักงานนักสืบโมริ โคโกโระ พ่อของโมริ เป็นนักสืบเอกชน แต่เขาไม่ใช่คนที่น่าเชื่อถือ โคนันซึ่งเป็นลูกของชินิจิใช้อุปกรณ์ที่พัฒนาโดยดร.อากาสะ ฮิโรชิเพื่อช่วยคลี่คลายคดีต่างๆ แทนโคโกโร่เพื่อยกระดับโปรไฟล์ของโคโกโร่ ในความพยายามที่จะค้นหาชายชุดดำที่เข้าใจยากและรับยาแก้พิษที่จะฟื้นฟูรูปร่างเป็นผู้ใหญ่ของเขา ชินอิจิพบว่าตัวเองกลับมาเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตัน ชินอิจิก่อตั้งกลุ่มนักสืบเยาวชนร่วมกับโยชิดะ อายูมิ สึบุรายะ มิสึฮิโกะ และโคจิมะ เก็นตะ และร่วมกันจัดการกับคดีต่างๆ ที่นำพวกเขาไปสู่การค้นพบบุคคลสำคัญ เช่น มิยาโนะ อาเคมิ และมิยาโนะ ชิโฮะ อดีตสมาชิกขององค์กรชุดดำ นอกจากนี้ พวกเขายังได้พบกับนักวิทยาศาสตร์ที่สร้างยา APTX4869 ซึ่งทำหน้าที่ลดขนาดของโคนัน แม้จะมุ่งเน้นไปที่การเปิดเผยความจริงเกี่ยวกับชายชุดดำ แต่ซีรีส์นี้ยังเน้นไปที่ความสัมพันธ์ของตัวละครและความสนใจด้านความรัก ทั้งหมดนี้ในขณะที่องค์กรยังคงดำเนินการภายใต้เงามืด เนื่องจากเป็นซีรีส์การ์ตูนที่มีมายาวนาน นักสืบโคนัน ยังไม่ได้เปิดเผยบทสรุป