คุโดะ ชินิจิเป็นนักสืบวัยรุ่นในโรงเรียนมัธยมปลายที่มีความสนใจโรแมนติกกับเพื่อนร่วมชั้นโมริ รัน ลูกสาวของนักสืบโมริ โคโกโระ ชินอิจิผู้ได้รับเลือกให้เป็นนักสืบอันดับต้นๆ แห่งปีของเฮเซ ได้แอบสังเกตเห็นชายชุดดำคนหนึ่งในระหว่างการเจรจา อย่างไรก็ตาม เขาไม่รู้ว่ามีชายชุดดำอีกคนหนึ่งแอบเข้ามาข้างหลังเขาและโจมตีเขา ต่อมาชายทั้งสองถูกจับกุมและฉีดยาพิษซึ่งถูกกล่าวหาว่าผลิตขึ้นภายในองค์กรของตน พิษส่งผลอย่างไม่คาดคิดต่อชินอิจิ ทำให้เขาหดตัวจนกลายเป็นเด็กอายุเจ็ดขวบ เพื่อสืบสวนชายชุดดำและหายาแก้พิษ เขาเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนันโดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ และเริ่มอาศัยอยู่กับเพื่อนสมัยเด็กของเขา โมริ รัน ซึ่งพ่อของเขาเป็นผู้บริหารสำนักงานนักสืบโมริ แม้ว่าโคโกโระจะเป็นนักสืบเอกชน แต่เขาก็ไม่น่าเชื่อถือมากนัก โคนันใช้อุปกรณ์ที่ดร.อากาสะ ฮิโรชิสร้างขึ้นเพื่อช่วยโคโกโระในการไขคดีต่างๆ และได้รับการยอมรับในโลกนักสืบ ต้องระบุที่อยู่ของชายชุดดำ และสถานการณ์ของชินอิจิทำให้งานนี้เป็นเรื่องยาก เนื่องจากสภาพปัจจุบันของเขา เขาจึงถูกบังคับให้เข้าเรียนที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตันอีกครั้ง แต่อยู่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 นอกจากเพื่อนร่วมชั้นอย่าง Yoshida, Ayumi, Tsuburaya, Mitsuhiko และ Kojima Genta แล้ว Shinichi ได้ก่อตั้งชมรมนักสืบเยาวชนเพื่อช่วยในการค้นหาชายชุดดำและยาแก้พิษสำหรับอาการของเขา ในระหว่างการสืบสวนดำเนินไป มีคดีต่างๆ เกิดขึ้นและมีการเปิดเผยบุคคลสำคัญ รวมถึงมิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายขององค์กรชุดดำ และมิยาโนะ ชิโฮะ หรือ ไฮบาระ ไอ อดีตสมาชิกขององค์กรเดียวกัน นักวิทยาศาสตร์ที่รับผิดชอบในการประดิษฐ์ยา APTX4869 ซึ่งทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของชินอิจิ ก็ถูกนำเข้ามาในภาพนี้ด้วย อย่างไรก็ตาม Detective Conan ยังคงเป็นซีรีส์ยาวที่เน้นไปที่คดี ความสัมพันธ์ ความรัก และองค์กรชุดดำที่เป็นลางไม่ดี ซึ่งดำเนินไปอย่างช้าๆ และยังคงเป็นภัยคุกคามที่กำลังจะเกิดขึ้น ขณะนี้ยังไม่มีการกล่าวถึงว่าเรื่องราวจะจบลงอย่างไร