คุโดะ ชินิจิเป็นนักสืบนักเรียนมัธยมปลายที่มีอายุ 17 ปี และหลงรักโมริ รัน ลูกสาวของโมริ โคโกโระ ซึ่งเขามักจะถูกเรียกให้มาช่วยเหลือ นักสืบที่ดีที่สุดของ Heisei แอบสังเกตการเจรจาระหว่างชายชุดดำกับคนอื่นๆ โดยไม่รู้ว่ามีชายชุดดำอีกคนหนึ่งโจมตีจากด้านหลัง ผู้กระทำผิดถูกจับกุมและฉีดยาพิษ ซึ่งคาดว่าสร้างขึ้นภายในองค์กรของตน อย่างไรก็ตาม พิษดังกล่าวส่งผลให้ชินิจิตัวเล็กลง และสวมบทเอโดกาวะ โคนัน เด็กอายุ 7 ขวบ ด้วยความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ โคนันจึงสืบสวนร่องรอยที่ชายชุดดำทิ้งไว้และค้นหายาแก้พิษ เขาย้ายมาอยู่กับโมริ รัน เพื่อนสมัยเด็ก และพ่อของเธอ โมริ ซึ่งเป็นนักสืบเอกชน แม้ว่าเขาจะมีชื่อเสียง แต่ Kogoro ก็ไม่ใช่นักสืบที่เชื่อถือได้ ซึ่งทำให้โคนันใช้สิ่งประดิษฐ์ของ Dr. Agasa เพื่อคลี่คลายคดีต่างๆ แทน Kogoro โดยหวังว่าจะเพิ่มชื่อเสียงให้กับ Kogoro ผลจากการติดอยู่ในร่างของเด็ก ชินอิจิจึงถูกบังคับให้เข้าเรียนที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตันอีกครั้ง เขาก่อตั้งขบวนการนักสืบเยาวชนร่วมกับเพื่อนร่วมชั้นของเขา Yoshida, Ayumi, Tsuburaya, Mitsuhiko และ Kojima Genta เป้าหมายของพวกเขาคือการตามหาชายชุดดำ รวมถึงการรักษาอาการของโคนันด้วย เมื่อเวลาผ่านไป พวกเขาต้องเผชิญกับคดีต่างๆ และค้นพบบุคคลสำคัญ รวมถึงมิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายขององค์กรชุดดำ และมิยาโนะ ชิโฮะ หรือ ไฮบาระ ไอ อดีตสมาชิกขององค์กรเดียวกัน นอกจากนี้ พวกเขายังได้พบกับนักวิทยาศาสตร์ที่รับผิดชอบในการประดิษฐ์ APTX4869 ซึ่งเป็นยาที่ทำให้โคนันหดตัว แม้จะมีการสืบสวนอย่างต่อเนื่อง แต่จุดจบของ Detective Conan ยังคงไม่ทราบ เนื่องจากความสัมพันธ์ของตัวละคร ความรัก และการเคลื่อนไหวที่ช้าๆ ขององค์กรชุดดำถือเป็นประเด็นสำคัญที่กำลังดำเนินอยู่