คุโดะ ชินิจิเป็นนักเรียนมัธยมปลาย อายุ 17 ปี ซึ่งทำงานเป็นนักสืบ ชินอิจิมีความสนใจแบบโรแมนติกในตัวโมริ รัน ลูกสาวของโมริ โคโกโระ ซึ่งเรียกเขาตามชื่อ ในช่วงยุคเฮเซ ชินอิจิได้รับการยอมรับว่าเป็นนักสืบที่ดีที่สุดแห่งปี เขาแอบสังเกตชายคนหนึ่งที่สวมชุดดำกำลังเจรจาอยู่ อย่างไรก็ตาม เขาไม่รู้ว่ามีชายชุดดำอีกคนแอบโจมตีเขาจากด้านหลัง ชายทั้งสองถูกจับกุมและรับยาพิษที่เชื่อว่าผลิตโดยองค์กรของพวกเขา พิษส่งผลให้ชินิจิลดขนาดลงจนกระทั่งเขากลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ และเขาเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดกาวะ โคนันโดยได้รับความช่วยเหลือจากดร.อากาสะ ฮิโรชิ ภารกิจของโคแนนคือการสืบสวนที่อยู่ของชายชุดดำและนำยาแก้พิษกลับมา เขาย้ายไปอยู่ที่สำนักงานนักสืบของโมริ และได้รู้จักกับรัน ซึ่งเป็นคนรู้จักในวัยเด็กของโมริ โคโกโระ พ่อของรันเป็นนักสืบเอกชน แต่เขาไม่ใช่นักสืบที่เชื่อถือได้ โคนันซึ่งเป็นลูกของชินิจิใช้อุปกรณ์ที่ดร.อากาสะ ฮิโรชิสร้างขึ้นเพื่อช่วยคลี่คลายคดีต่างๆ แทนโคโกโร่ ขณะเดียวกันก็พยายามทำให้โคโกโร่มีชื่อเสียงมากขึ้น เพื่อที่จะตามหาชายชุดดำ ชินอิจิต้องเข้าเรียนที่โรงเรียนประถมศึกษาเทตันอีกครั้งในฐานะนักเรียนป.1 เนื่องจากรูปร่างที่เหมือนเด็กในปัจจุบันของเขา เขาร่วมกับเพื่อนร่วมชั้น Yoshida, Ayumi, Tsuburaya, Mitsuhiko และ Kojima Genta เขาก่อตั้งกลุ่มนักสืบเยาวชนขึ้นมา การค้นหาชายชุดดำและการรักษาอาการของโคนันยังคงดำเนินต่อไป มีคดีเกิดขึ้นมากมายและมีการเปิดเผยบุคคลสำคัญมากมาย รวมถึง มิยาโนะ อาเคมิ หนึ่งในสมาชิกคนสุดท้ายขององค์กรชุดดำ มิยาโนะ ชิโฮะ หรือ ไฮบาระ ไอ อดีตสมาชิกขององค์กรชุดดำ และนักวิทยาศาสตร์ผู้คิดค้นยา APTX4869 ซึ่งทำให้โคนันหดตัวลง อย่างไรก็ตาม Detective Conan เป็นซีรีส์แอนิเมชั่นที่มีมายาวนานซึ่งเน้นไปที่การไขคดี ความสัมพันธ์ระหว่างตัวละครและกิจกรรมที่ดำเนินไปอย่างช้าๆ ขององค์กรชุดดำก็ถูกนำเสนอเช่นกัน แต่ผลลัพธ์สุดท้ายก็ยังไม่ได้รับการเปิดเผย