พลังงานชนิดใหม่ที่เรียกว่า “e-Pulse” ซึ่งเกิดจากความคิดและอารมณ์ของมนุษย์ ถูกนำมาใช้เป็นแหล่งพลังงานให้กับอุปกรณ์ช่วยเหลือ AI ส่วนบุคคลที่มีชื่อว่า “ซาโปตามะ (Sapotama)” ทว่าเบื้องหลังความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีกลับทำให้ “มอนสเตอร์ปริศนา” เริ่มปรากฏตัวขึ้น — สิ่งมีชีวิตที่เรียกว่า ดิจิมอน (Digimon) ผู้ซึ่งวิวัฒนาการได้ด้วยการกลืนกิน e-Pulse

โทโมโระ เท็นมะ เด็กหนุ่มธรรมดา ต้องเข้าไปพัวพันกับเหตุการณ์เหนือความคาดหมาย เมื่อ เก็็กโคมอน ปรากฏตัวออกมาจากซาโปตามะของเขาเอง จากวันนั้นชีวิตของโทโมโระก็เปลี่ยนไป เขาต้องไปร่วมอาศัยและทำงานกับทีมล่าค่าหัว “โกลเดนดอว์น (Golden Dawn)” ร่วมกับ เคียว ซาวาชิโระ และพวกพ้อง

ท่ามกลางการต่อสู้กับดิจิมอนที่失控 และความปั่นป่วนของโลกยุค e-Pulse โทโมโระจึงตั้งปณิธานใหม่ ว่าจะหาคำตอบให้ได้ว่า “อนาคตแบบไหน” ที่มนุษย์และดิจิมอนสามารถก้าวเดินไปด้วยกันได้