ในการเผชิญหน้าครั้งแรก Masaru นักสู้ข้างถนนเพชรที่ไม่เคยพ่ายแพ้ และ Agumon ดิจิมอนที่ไม่ซื่อสัตย์ ได้สร้างมิตรภาพที่ไม่คาดคิดผ่านความหลงใหลในการต่อสู้ที่มีร่วมกัน คู่หูหัวกะโหลกนี้ถูกสอดแนมโดย Digimon Data Squad หรือที่รู้จักกันในชื่อ DATS ซึ่งเป็นองค์กรลับของรัฐบาลที่เป็นพยานถึงการต่อสู้อันน่าเกรงขามของมนุษย์ที่เกี่ยวข้องกับดิจิมอน เป้าหมายหลักของพวกเขาคือการสอบสวนปัญหาลึกลับที่เกิดขึ้นโดยดิจิมอนที่แทรกซึมเข้าไปในโลกมนุษย์ ซึ่งขณะนี้ถูกโจมตีโดยการไหลบ่าเข้ามาของสิ่งมีชีวิตดิจิทัลเหล่านี้

ขณะที่พวกเขาทำภารกิจที่แตกต่างกันกับ DATS Daimon และ Agumon ได้สร้างพันธมิตรกับ Touma Norstein วัยรุ่นอัจฉริยะและ Gaoman คู่หูดิจิมอนของเขา พวกเขายังร่วมมือกับ Yoshino "Yoshi" Fujeda และคู่หูดิจิมอนของเธอ Lalamon ซึ่งทั้งคู่มีจิตใจดี พวกเขาร่วมกันตรวจสอบการมาถึงของดิจิมอนอย่างกะทันหันในโลกของพวกเขาต่อไป อย่างไรก็ตาม เมื่อพวกเขาเจาะลึกเข้าไปในสถานการณ์ พวกเขาก็เริ่มค้นพบความจริงที่น่าตกใจ ตอนนี้มันขึ้นอยู่กับ Daimon, Agumon และสหายของพวกเขาที่จะไขปริศนาที่เป็นแก่นแท้ของมัน