วันหนึ่งโนบิตะค้นพบต้นอ่อนเล็กๆ ต้นหนึ่งหลังเนินเขา แต่แม่ของเขาห้ามไม่ให้เขาปลูกไว้ในสวนหลังบ้าน ด้วยความช่วยเหลือจากเครื่องมืออันยอดเยี่ยมของโดราเอมอน พวกเขาทำให้ต้นไม้มีชีวิตขึ้นมา ทำให้มันเคลื่อนไหวได้อย่างอิสระ โนบิตะตั้งชื่อต้นไม้คิโบ และทั้งสองก็ได้พัฒนาความสัมพันธ์อันลึกซึ้ง คล้ายกับความเป็นพี่น้องกัน ดังนั้นการผจญภัยครั้งใหม่กำลังรอพวกเขาอยู่บนขอบฟ้า