ในระหว่างการเผชิญหน้าโดยบังเอิญ โนบิตะบังเอิญพบกับยานอวกาศขนาดเล็กลำหนึ่งที่กำลังแล่นเข้าสู่วงโคจรของโลก ขณะสำรวจยานดังกล่าว กลุ่มได้ค้นพบเอเลี่ยนตัวเล็กชื่อ Papi ซึ่งหนีจากดาวเคราะห์บ้านเกิดของเขาที่ชื่อ Pirika เพื่อหลบหนีจากกองทัพ PCIA ในความพยายามที่จะผูกมิตรกับ Papi โดราเอมอนและเพื่อนๆ ของเขาใช้ไฟฉายจิ๋วเพื่อย่อขนาดตัวเองให้มีขนาดเท่ากับเพื่อนร่วมทางที่เพิ่งค้นพบ อย่างไรก็ตาม การอยู่ร่วมกันอย่างสันติของพวกเขาต้องหยุดชะงักลงเมื่อยานอวกาศรูปปลาวาฬเริ่มไล่ตามพวกเขา เรือถูกส่งมายังโลกเพื่อจับปาปิและโจมตีโดราเอมอนและเพื่อนๆ ของเขา แม้จะรู้สึกผิดที่ก่อปัญหา Papi ก็ยืนหยัดต่อสู้กับกองทัพ PCIA และต่อสู้เพื่อปกป้องโลกบ้านเกิดของเขา โดราเอมอนและเพื่อนๆ ผนึกกำลังกับปาปี้เพื่อช่วยเขาต่อสู้กับกองทัพที่รุกรานและปลดปล่อยเพื่อนตัวเล็ก ๆ ของพวกเขาให้พ้นจากเงื้อมมือของพวกเขา