เรื่องราวเริ่มต้นจากชายหนุ่มชื่อ Taiju ที่กำลังเตรียมสารภาพความรู้สึกกับ Yuzuriha หญิงสาวที่เขาชื่นชม อย่างไรก็ตาม ก่อนที่เขาจะทำได้ เหตุการณ์ประหลาดก็เกิดขึ้น ทำให้มนุษยชาติทั้งมวลกลายเป็นหิน เวลาผ่านไปกว่าสามพันปี และในที่สุด Taiju ก็หลุดพ้นจากการถูกจองจำที่เต็มไปด้วยหินในปี 5738 เขาได้พบกับ Senku เพื่อนเก่าของเขาอีกครั้ง ซึ่งหลุดพ้นจากอิสระภาพตรงหน้าเขาอีกครั้ง พวกเขาร่วมกันแลกเปลี่ยนข้อมูลและเทคนิคทางวิทยาศาสตร์จากอดีต เพื่อสร้างอารยธรรมใหม่ให้กับมนุษยชาติ