Taiju Oki นักเรียนมัธยมปลายเก็บความรู้สึกที่มีต่อ Yuzuri Haokawa ไว้โดยไม่พูดอะไรเป็นเวลาห้าปี อย่างไรก็ตาม ในที่สุดเขาก็รวบรวมความกล้าที่จะสารภาพรักกับเธอ ผลกระทบของคำสารภาพนี้ลึกซึ้งมากจนทำให้มนุษย์ทุกคนในโลกกลายเป็นหิน และส่งคลื่นกระแทกไปทั่วทั้งมนุษยชาติ

หลังจากผ่านไปนับพันปี Taiju โผล่ออกมาจากเปลือกหินของเขาเพียงเพื่อค้นพบว่าอารยธรรมของมนุษย์ได้พังทลายลง และเปิดทางให้กับโลกที่ถูกครอบงำโดยธรรมชาติ ท่ามกลางภูมิทัศน์ที่เต็มไปด้วยร่างที่กลายเป็นหิน Taiju สะดุดกับ Zen ซึ่งเป็นมนุษย์เพียงคนเดียวที่เขาเคยพบ ด้วยความช่วยเหลือจาก Koo เพื่อนของเขาซึ่งเป็นคนรักวิทยาศาสตร์ที่เพิ่งมีชีวิตขึ้นมา Taiju ได้เรียนรู้ถึงแผนการอันทะเยอทะยานของ Senkuu ในการฟื้นฟูอารยธรรมด้วยพลังของความรู้ทางวิทยาศาสตร์ เมื่อพลังของ Taiju และสติปัญญาของ Senku ร่วมมือกัน พวกเขาตระหนักดีว่ากุญแจสำคัญในการทำให้สถานะกลายเป็นหินนั้นอยู่ที่การค้นพบว่าต้นกำเนิดของมันเกิดขึ้นได้อย่างไร

อุดมการณ์ของ Senkuu ซึ่งเป็นรากฐานของแผนแม่บทของเขา ถูกท้าทายอย่างต่อเนื่องจากผู้ที่ฟื้นคืนชีพเขา ดังนั้นจึงเป็นอันตรายต่อวิสัยทัศน์ของเขาในอนาคต แม้ว่าเขาจะมีความรู้กว้างขวาง แต่ Senkuu ก็ไม่สามารถระบุสาเหตุของการกลายเป็นหินของมนุษยชาติได้ ซึ่งยังคงเป็นปริศนาสำหรับเขา