ที่โรงเรียนมัธยมยูนากิ ฮิวงะ ซากิ นักเรียนปีสองและเหยือกของชมรมซอฟท์บอล ได้เผชิญหน้ากันอย่างแปลกประหลาดแต่ก็คุ้นเคยอย่างประหลาดใต้ต้นสกายทรีอันยิ่งใหญ่ในป่าโทเนริโกะ ปรากฎว่าซากิและมิโชไมเคยพบกันจริง ๆ เมื่อห้าปีก่อนในช่วงเทศกาลฤดูร้อน เมื่อมีฝนดาวตกปกคลุมท้องฟ้ายามค่ำคืน ในระหว่างการประชุมครั้งล่าสุด พวกเขาบังเอิญพบกับสิ่งมีชีวิตประหลาดจากดินแดนแห่งน้ำ สิ่งมีชีวิตที่น่าหลงใหลนี้ซึ่งรู้จักกันในชื่อนางฟ้าดอกไม้ "Flappy" และสหายนกของเขา "Shppy" ขอความช่วยเหลือในการปกป้องต้นไม้โลก ซึ่งเป็นสิ่งศักดิ์สิทธิ์ที่ปกครองเหนือสิ่งมีชีวิตทั้งหมดในทุกอาณาจักร ดังนั้น ซากิและไมจึงได้รับฉายานักรบในตำนาน พริตตี้เคียว ภารกิจของพวกเขาคือการผนึกกำลังกับ Flappy และ Shppy ในการต่อสู้กับภัยคุกคามที่ใกล้จะเกิดขึ้นจาก Darkfall กลุ่มผู้มุ่งร้ายที่มุ่งมั่นที่จะทำลายต้นไม้โลก แผนการชั่วร้ายของพวกเขาเกี่ยวข้องกับการทำลายบ่อน้ำศักดิ์สิทธิ์เจ็ดแห่งที่ค้ำจุนพลังชีวิตของต้นไม้ ขณะที่บ่อน้ำสุดท้ายที่เหลืออยู่ นั่นคือบ่อน้ำดวงอาทิตย์ ซึ่งกำลังใกล้จะถูกทำลายล้าง มันก็ตกอยู่กับ Pretty Cure เพื่อฟื้นฟูพลังของมันและปกป้องมันจากอันตราย