ที่โรงเรียนมัธยม Yunaki ฮิวงะ ซากิ นักเรียนชั้นปีที่สองและเป็นสมาชิกชมรมซอฟต์บอลได้พบกับหญิงสาวที่แปลกประหลาดแต่คุ้นเคยอย่างแปลกๆ ชื่อ มิโช ไม ใต้ต้นสกายทรีที่สูงตระหง่านในป่าโทเนริโกะ พวกเขาไม่รู้เลยว่าจริงๆ แล้วพวกเขาได้ข้ามเส้นทางเมื่อห้าปีก่อนในช่วงเทศกาลฤดูร้อน ซึ่งประจวบกับการมาถึงของดาวตก ตามที่โชคชะตากำหนด Saki และ Mai พบว่าตัวเองต้องเผชิญหน้ากันกับสิ่งมีชีวิตแปลกประหลาดที่มาจากดินแดนแห่งน้ำ สิ่งมีชีวิตที่น่าหลงใหลเหล่านี้ซึ่งรู้จักกันในชื่อ Flappy และ Shppy ได้รับมอบหน้าที่ในการปกป้องนางฟ้าดอกไม้และนางฟ้านกตามลำดับ ด้วยการตระหนักถึงศักยภาพภายใน Saki และ Mai ทำให้ Flappy และ Shppy ได้แต่งตั้งพวกเขาให้เป็นนักรบในตำนาน Pretty Cure พวกเขาได้รับความไว้วางใจให้ทำภารกิจอันยิ่งใหญ่ในการปกป้องต้นไม้โลก ซึ่งเป็นสิ่งศักดิ์สิทธิ์ที่ทำหน้าที่เป็นเส้นชีวิตของทุกชีวิตในอาณาจักรต่างๆ อย่างไรก็ตาม ภารกิจของพวกเขาไม่ได้ปราศจากการต่อต้าน กลุ่มชั่วร้ายที่รู้จักกันในชื่อ Darkfall พยายามทำลายล้างต้นไม้โลกโดยกำหนดเป้าหมายไปที่บ่อน้ำศักดิ์สิทธิ์เจ็ดแห่งซึ่งทำหน้าที่เป็นแหล่งชีวิตของมัน ตอนนี้มันขึ้นอยู่กับ Pretty Cure ที่จะฟื้นฟูบ่อน้ำเหล่านี้และปกป้องบ่อ Sun Well ที่เหลือ ซึ่งเป็นบ่อเดียวที่ยังไม่ได้รับบาดเจ็บ