นัตสึเมะ อากิระ ชายผู้เกลียดเทคโนโลยีตื่นขึ้นมาในโลกอนาคตปี 2030 และพบว่าตนเองกลายเป็น "เอ็กซ์อาร์ม" อาวุธร้ายแรงที่มีเพียงสมองมนุษย์ในเปลือกไทเทเนียม เขาต้องร่วมมือกับมินามิและอัลมาเพื่อต่อสู้กับกลุ่มอาชญากรโดยการเชื่อมต่อจิตใจเข้ากับเครื่องจักร แต่สุดท้ายเขากลับถูกตราหน้าว่าเป็นศัตรูของมนุษยชาติและถูกบังคับให้เข้าหน่วยต่อต้านเอ็กซ์อาร์ม