แต่ละบทของเกมจะแนะนำตัวละครที่แตกต่างกันสามตัว เนื้อเรื่องในแต่ละบทจะพัฒนาขึ้นตามการกระทำที่ผู้เล่นเลือก บทแรกเรียกว่า "โชคชะตา" เน้นเรื่องราวของเซเบอร์ตัวเอก ในบทที่สอง "Unlimited Blade Works" โฟกัสจะเปลี่ยนไปที่ Rin ซึ่งเป็นตัวละครหลัก อย่างไรก็ตาม โครงเรื่องเน้นไปที่ตัวตนของอาเชอร์คนรับใช้ของเธอมากกว่า บทที่สาม "Heaven&Feel" เจาะลึกอดีตอันน่าเศร้าของซากุระและเชื่อมโยงกับเรื่องราวของ Fate/Hollow Ataraxia ซีรีส์แอนิเมชันจะเป็นการผสมผสานระหว่างทั้งสามบท และจะเน้นย้ำถึงความเชื่อมโยงระหว่างกัน