เรื่องราวของ "Angel Girl Protects the Universe" เป็นเรื่องเกี่ยวกับหน่วย Angel Rune ซึ่งมีวัตถุประสงค์หลักคือการสำรวจและนำเทคโนโลยีที่สูญหายไปของชาว Trasbas กลับมา ภารกิจของพวกเขาคือเพื่อให้แน่ใจว่า Daosbas จะรักษาสันติภาพ ซึ่งมักต้องมีส่วนร่วมในความขัดแย้งหลายครั้ง