หลังจากที่พันตรีโมโตโกะ คุซานางิหายตัวไปอย่างกะทันหัน บาโต้จากหน่วยที่ 9 ได้รับมอบหมายให้สืบสวนคดีฆาตกรรมที่รุนแรงซึ่งดูเหมือนว่าจะเกิดจากการทำงานของไจนอยด์หรือหุ่นยนต์ทางเพศที่ทำงานผิดปกติ ขณะที่บาตูเจาะลึกเข้าไปในคดีนี้ เขาได้รับข้อความลึกลับจากไจนอยด์ที่ผิดพลาด ทำให้เขาตั้งคำถามถึงต้นตอของความผิดปกติเหล่านั้น สิ่งนี้นำไปสู่การสงสัยว่ามีการฆาตกรรมที่มีแรงจูงใจทางการเมืองและการใช้ "ผี" ที่ผิดกฎหมาย ส่งผลให้ Batou และ Togusa คู่หูของเขาเข้าสู่เครือข่ายสมรู้ร่วมคิดที่เต็มไปด้วยอันตราย

 

ในระหว่างการสืบสวนที่กำลังดำเนินอยู่ ขอบเขตระหว่างมนุษย์กับเครื่องจักรเริ่มคลุมเครือมากขึ้น และเส้นแบ่งระหว่างสิ่งที่เป็นจริงกับสิ่งที่เพียงรับรู้ก็ไม่มีความชัดเจน ขณะที่พวกเขาเผชิญหน้ากับศัตรูที่ไม่ธรรมดาและอันตราย Batou และ Togusa ผจญภัยเข้าไปในโลกของหุ่นยนต์และสิ่งมีชีวิตสังเคราะห์ ที่ซึ่งความแตกต่างระหว่างความเป็นมนุษย์และความไร้มนุษยธรรมไม่มีความชัดเจนอีกต่อไป