หลังจากมติของการสอบสวน "มนุษย์หัวเราะ" นายกรัฐมนตรีโยโกะ คายาบูกิ ที่ได้รับการเลือกตั้งใหม่ของญี่ปุ่น ได้คืนสถานะมาตรา 9 เพื่อเป็นมาตรการในการรับมือกับอันตรายที่กำลังเกิดขึ้นของการก่อการร้ายทางไซเบอร์

 

ในขณะที่รัฐบาลญี่ปุ่นเผชิญกับวิกฤตที่เกิดจากผู้ลี้ภัยชาวต่างชาติจำนวนมากที่ต้องการขอลี้ภัยหลังสงครามโลกครั้งที่ 3 ภัยคุกคามครั้งใหม่ก็ปรากฏให้เห็น Individual Eleven ซึ่งเป็นกลุ่มผู้ก่อการร้ายได้ก่อให้เกิดความวุ่นวายไปทั่วญี่ปุ่น ส่งผลให้สมาชิกของ Section 9 รวมถึง Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki และ Batou ต้องสอบสวน ในระหว่างการไล่ตามเกาดา คาซุนโด สมาชิกระดับสูงของหน่วยข่าวกรองคณะรัฐมนตรี พวกเขาเริ่มสงสัยว่าวิกฤตผู้ลี้ภัยและ The Individual Eleven อาจมีความเกี่ยวพันกันมากกว่าที่พวกเขาคิดไว้ในตอนแรก