ในระหว่างภารกิจของเขาเพื่อฟื้นความรู้สึกของมนุษยชาติในขณะที่ต่อต้านสิ่งมีชีวิตที่ติดเชื้อที่เรียกว่า "อเมซอน" มิซึซาวะ ฮารุกะ ผู้อ่อนโยนได้ติดเชื้อจากเซลล์อเมซอนที่ผลิตโดยร้านขายยาโนซามะโดยไม่ได้ตั้งใจ การติดเชื้อนี้ส่งผลให้เขากลายร่างเป็น "Masked Rider Amazon Omega" ซึ่งเป็นคนบ้าคลั่งที่ไม่สามารถควบคุมตัวเองได้ Haruka ก้าวข้ามเส้นทางกับ "Nozama Peston Service" ซึ่งเป็นหน่วยขุดรากถอนโคนของ Amazon ที่ทำงานให้กับบริษัทยา Nozama และ "Takayama Jin" อดีตนักชีววิทยาด้านเซลล์ในบริษัทเดียวกันที่แปลงร่างเป็น "Nozama Peston Service" เป็น "Masked Rider Amazon Alpha" เพื่อกำจัดแอมะซอนทั้งหมดบนโลก ฮารุกะยังต้องเผชิญหน้ากับมาเอฮาระ จุน อดีตสมาชิกของหน่วยทำลายล้างของบริษัทโนซามะที่เสียชีวิตระหว่างการต่อสู้กับพวกแอมะซอนและได้เกิดใหม่อีกครั้ง ท้ายที่สุดแล้ว ฮารุกะต้องเลือกระหว่างการใช้ชีวิตแบบมนุษย์หรือแบบอเมซอน