โซโนดะ มาริ เดินทางไปร้านทำความสะอาดของเคอิทาโรพร้อมกับหลานชายของเธอ โจทาโร่ ซึ่งเธอได้พบกับนาโอยะและมาซาโตะโดยไม่คาดคิดเมื่อพวกเขากลับมา ขณะเดียวกัน Smart Brain ซึ่งเดิมเคยเป็นองค์กรภาครัฐ ได้ผ่านการเปลี่ยนแปลงเป็นบริษัทใหม่โดยมีเป้าหมายอันเลวร้ายในการกำจัดชีวิตของ Alphenok ทั้งหมด ผู้ดูแลปฏิบัติการนี้คือคิตาซากิ เพื่อป้องกันการสูญพันธุ์ของอัลเฟน็อก มาซาโตะ คุซากะต้องเผชิญหน้ากับเรน่า คุรุมิ ผู้บัญชาการของสมาร์ทเบรน อย่างไรก็ตาม เขาไม่ได้อยู่คนเดียวในความพยายามนี้ ในขณะที่เขาได้รับความช่วยเหลือจาก Inui Takumi ที่หายสาบสูญไปนานซึ่งกลับมาปรากฏตัวอีกครั้งในชื่อ Masked Rider NEXT Faiz คำถามยังคงอยู่: ทำไมเขาถึงเลือกที่จะร่วมมือกับ Smart Brain? ปริศนาและการต่อสู้ครั้งใหม่ที่จะกำหนดชะตากรรมของทั้งมนุษย์และ Alphenok ได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว