กองทัพศัตรูจำนวนมหาศาลจากโลกอนาคตบุกโจมตีผ่านประตูมิติเวลา! โฮทาโร่ อิจิโนเสะ(มาสค์ไรเดอร์ ก็อตชาร์ด) และคนอื่นๆ ร่วมมือกันต่อกรกับศัตรูได้สำเร็จ พวกเขาหลุดไปยังอนาคต และได้พบกับ โฮทาโร่ ในเวอร์ชัน 20 ปีต่อมา ซึ่งได้ต่อสู้กับความชั่วร้ายในนามของ มาสค์ไรเดอร์ ก็อตชาร์ด เดย์เบรก เขาต้องผ่านเรื่องราวร้าย ๆ มากมายตลอดเวลาที่ผ่านมา "คราวนี้ฉันต้องช่วยเขาให้ได้!" เมื่อรับรู้ถึงวิกฤตในโลกอนาคต โฮทาโร่และเพื่อนๆ จึงออกเดินทางด้วย "ไจแกนไลน์เนอร์" เพื่อผจญภัยข้ามเวลาสู่โลกอนาคตที่เดย์เบรกอาศัยอยู่เพื่อกอบกู้อนาคตให้จงได้!