เมืองแห่งสายลม Futo ในญี่ปุ่นได้รับการตั้งชื่ออย่างเหมาะสมเนื่องจากมีสายลมที่พัดอย่างต่อเนื่องตลอดทั้งปีและกังหันลมที่กระจายอยู่ตามแนวนอน น่าเสียดายที่เมือง Futo ยังขึ้นชื่อเรื่องอาชญากรรมต่างๆ ที่เกิดจากสารเจือปนอันโด่งดัง ซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตแปลกประหลาดที่สร้างขึ้นโดยการเติมเต็มความปรารถนาของมนุษย์โดยใช้ Gaia Memory เชื่อกันว่าตระกูลโซโนซากิซึ่งเป็นกลุ่มผู้มีอิทธิพลชั่วร้ายในเมืองฟูโตะ อยู่เบื้องหลังสารเจือปน ความหวังเดียวที่จะต่อสู้กับความชั่วร้ายนี้คือฮิดาริ, โชทาโร่ นักสืบฮาร์ดบอยผู้โด่งดัง และฟิลิป (โซโนซากิ ไรโตะ) ชายหนุ่มที่มีต้นกำเนิดลึกลับซึ่งมีสมองเหมือนกับห้องสมุด พวกเขาร่วมกันกลายเป็น Masked Rider Double ฮีโร่ผู้ทรงพลังที่สร้างขึ้นจากการหลอมรวมจิตวิญญาณของพวกเขา พร้อมที่จะเปิดโปงตระกูล Sonozaki และเอาชนะ Dopant