ในโลกที่กองเรือใต้ทะเลลึกบุกเข้ามาและเข้าควบคุมท้องทะเล มนุษยชาติก็สิ้นหวัง ความหวังเดียวอยู่ที่กลุ่ม Kan-Musume ซึ่งเป็นเรือรบที่รอดตายจากอดีตซึ่งมีความสามารถในการต่อสู้กับผู้รุกรานเหล่านี้ เรื่องราวมีศูนย์กลางอยู่ที่ฐานจินจูฟู ซึ่งครั้งหนึ่งเคยเป็นบ้านและพื้นที่ฝึกซ้อมสำหรับกลุ่มเด็กสาว วันหนึ่ง ฟุบากิ เด็กสาวประเภทเรือพิฆาตได้มาถึงฐานทัพและเปลี่ยนเส้นทางของเหตุการณ์