เคโรโระและฟุยูกิบังเอิญเจอศาลเจ้าแห่งหนึ่งระหว่างเดินทางกลับบ้าน และตัดสินใจจะสำรวจมัน ในระหว่างการสำรวจ พวกเขาสร้างความเสียหายให้กับวัตถุลึกลับภายในศาลเจ้าโดยไม่ได้ตั้งใจ คืนนั้น เคโรโระพบเครื่องหมาย "x" บนหน้าผากของเขา แต่ก็ไม่ได้คิดอะไรมาก อย่างไรก็ตาม เช้าวันรุ่งขึ้นเขาค้นพบว่าผู้ที่มีเครื่องหมายเดียวกันสามารถสื่อสารกันทางกระแสจิตได้ และเครื่องหมายดังกล่าวก็สามารถส่งต่อไปยังผู้อื่นได้เช่นกัน ไม่นานเครื่องหมายนี้ก็แพร่กระจายไปทั่วเมือง อย่างไรก็ตาม ความจริงยังคงอยู่ที่เครื่องหมายนั้นเชื่อมโยงกับการทำลายล้างของโลก