หลายพันปีที่ผ่านมา เคานาซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตนอกโลกที่ไม่สามารถสื่อสารด้วยได้โจมตีโลก เพื่อให้แน่ใจว่าเผ่าพันธุ์มนุษย์จะอยู่รอด ผู้คนจึงตัดสินใจย้ายที่อยู่โดยใช้เรือเมล็ดพันธุ์ ทานิคาเซะ นากาเตะ มนุษย์ที่ใช้ชีวิตในวัยเด็กอยู่ในห้องใต้ดินของเรือเมล็ดพันธุ์ "ซิโดเนีย" ในที่สุดก็ปรากฏตัวขึ้นสู่ผิวน้ำ นางาเตะเชี่ยวชาญเป็นพิเศษในการควบคุมหุ่นรบโมริโตะโบราณ "สึคุโมริ" และเขาและเพื่อนนักรบได้รับมอบหมายให้บังคับหุ่นเหล่านี้เพื่อต่อสู้กับเกาน่า โดยมีเป้าหมายเพื่อปกป้องมนุษยชาติจำนวนน้อยที่เหลืออยู่