เมื่อเจ็ดปีที่แล้ว Anemone สูญเสียพ่อของเธอไประหว่างการสู้รบในโตเกียว ตอนนี้เธอเหลือเพียงตุ๊กตาของเธอ กัลลิเวอร์ และ AI Dominikids ที่คอยให้กำลังใจเธอ ดอกไม้ทะเลได้กลายเป็นรากฐานของกลุ่มทดลองที่เรียกว่า "กรด" ซึ่งต่อสู้กับยูเรก้าที่เจ็ด ซึ่งเป็นศัตรูที่มีหน้าที่กำจัดบุคคล 2.6 พันล้านคน ในขณะที่มนุษยชาติใกล้สูญพันธุ์ พวกเขาเชื่อมั่นใน Anemone ที่จะเอาชนะ Eureka Seven ดอกไม้ทะเลมุ่งหน้าสู่ภารกิจที่น่าหวาดหวั่นนี้